结论：工资上税3个月但实发一个月的情况，是否违法需根据具体情况判断，但通常情况下，这种做法是违法的，因为用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，并依法代扣代缴个人所得税。
分析说明：
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，用人单位不仅需要支付工资，还需要确保支付的工资与劳动合同中的约定相符，并且要及时支付。
个人所得税代扣代缴：
- 用人单位作为个人所得税的扣缴义务人，有义务根据税法规定，从劳动者的工资中代扣代缴个人所得税。然而，代扣代缴个人所得税并不意味着用人单位可以随意扣留劳动者的工资。用人单位应当确保在代扣代缴个人所得税后，仍然按照劳动合同的约定向劳动者支付足额的工资。
违法情形判断：
- 如果用人单位在3个月内都按照税法规定代扣代缴了个人所得税，但只实际支付了1个月的工资，那么这种做法显然违反了劳动合同的约定和国家关于工资支付的规定。用人单位可能面临劳动行政部门的处罚，并且需要向劳动者支付拖欠的工资以及可能的赔偿金。
特殊情况考虑：
- 当然，也存在一些特殊情况，比如用人单位因为经营困难、资金周转问题等暂时无法支付工资，但这种情况需要符合法律规定的条件，并且用人单位应当与劳动者协商解决，不能单方面决定扣留工资。即使在这种情况下，用人单位也应当尽快解决资金问题，并按照约定支付工资。
建议与行动：
- 与用人单位沟通：首先，建议你与用人单位进行沟通，了解工资支付延迟的具体原因，并要求用人单位按照劳动合同的约定和国家规定支付工资。
- 收集证据：如果沟通无果，建议你收集相关证据，如劳动合同、工资条、银行流水等，以证明用人单位存在拖欠工资的行为。
- 寻求法律援助：如果用人单位仍然拒绝支付工资，你可以向当地劳动行政部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
后续思考依据：
- 在处理此类问题时，需要重点关注劳动合同的约定、国家关于工资支付的规定以及个人所得税代扣代缴的相关规定。这些规定是判断用人单位行为是否违法的关键依据。
- 同时，也需要考虑是否存在特殊情况，如用人单位的经营困难等，但这些情况并不能成为用人单位违反法律规定的借口。
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