结论：个税显示5000但实发12000，这一情况本身并不直接表明违法，但具体是否合法需结合实际工资构成、扣除项目及税法规定综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、工资构成与个税计算
工资总额与应纳税所得额：
- 工资总额通常包括基本工资、奖金、津贴等所有现金形式的收入。
- 应纳税所得额则是工资总额减去各项扣除（如社保、公积金、专项附加扣除等）后的金额。
个税计算：
- 个税是根据应纳税所得额来计算的，而非直接根据工资总额。
- 计算公式为：\(应纳税额 = 应纳税所得额 \times 税率 - 速算扣除数\)。
- 因此，即使个税显示为5000（这里可能指的是应纳税额或某种税费的显示，但通常个税不会直接显示为固定数额，而是根据收入计算得出），实发工资仍可能高于这个数额，因为实发工资是工资总额减去个税和其他扣除后的金额。
二、可能的情况分析
高扣除项目：
- 如果个人有大量的专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等），这些扣除会减少应纳税所得额，从而降低个税。
- 在这种情况下，即使工资总额较高，个税也可能相对较低，实发工资则可能较高。
税收优惠或减免：
- 某些情况下，个人可能享受税收优惠或减免政策，如残疾人、烈属等特定群体的税收减免。
- 这些政策会减少应纳税额，从而影响实发工资。
工资发放方式：
- 如果工资是分多次发放（如部分当月发放，部分次月发放），或者存在年终奖等一次性奖金的发放，这也可能影响个税的计算和实发工资的数额。
- 特别是年终奖，通常会有单独的计税方式，可能导致个税与工资总额之间的比例看起来不直观。
错误或违规操作：
- 当然，也不能排除存在错误或违规操作的可能性。例如，公司可能错误地计算了个税，或者故意少报个税以增加员工实发工资（但这种行为是违法的）。
- 另一种可能是公司通过其他方式（如虚增费用、隐瞒收入等）来减少应纳税所得额，从而降低个税，但这种行为同样违法。
三、法律建议
核实工资条和个税记录：
- 首先，应仔细核对工资条和个税记录，确保所有收入和扣除项目都准确无误。
咨询专业人士：
- 如果对个税计算或工资发放有疑问，可以咨询公司财务部门或专业税务人士，以获取更准确的解释和指导。
- 当然，你也可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。
关注税收合规性：
- 无论是公司还是个人，都应关注税收合规性，确保所有税务操作都符合税法规定。
- 避免因为追求短期利益而采取违法或违规的税务操作，以免面临法律风险和处罚。
总结：个税显示5000但实发12000，这一情况本身并不直接表明违法。要判断其是否合法，需结合实际工资构成、扣除项目及税法规定进行综合分析。如果有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业人士以获取准确指导。