公司和员工约定实发工资5000元是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 若5000元为税后实发工资，且符合法律规定

• 合法性分析：根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，员工的工资收入需要依法缴纳个人所得税。如果公司和员工约定的5000元是税后实发工资，即公司已经为员工代扣代缴了个人所得税，且该金额不低于当地最低工资标准，那么这种约定是合法的。
• 举例说明：假设某地区最低工资标准为每月2000元，员工和公司约定税后实发工资为5000元，且公司已经按照法律规定代扣代缴了个人所得税，那么这种约定就是合法的。

2. 若5000元为税前工资，且未考虑个税及社保等因素

• 合法性分析：如果公司和员工约定的5000元是税前工资，且未明确说明是否包含个人所得税、社会保险费等扣除项目，那么这种约定可能存在法律风险。因为在实际发放工资时，公司需要依法代扣代缴个人所得税和社会保险费等，员工实际到手的工资可能会低于5000元。如果员工对此不知情或不同意，可能会引发劳动争议。
• 举例说明：假设员工和公司约定税前工资为5000元，但未明确说明扣除项目。在实际发放时，公司代扣代缴了个人所得税和社会保险费后，员工实际到手的工资只有4000元。如果员工对此不满，可能会向劳动仲裁机构或法院提起诉讼。

3. 若5000元低于当地最低工资标准

• 合法性分析：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果公司和员工约定的实发工资（无论税前还是税后）低于当地最低工资标准，那么这种约定是违法的。
• 举例说明：假设某地区最低工资标准为每月2500元，而公司和员工约定的实发工资为5000元（但实际上是税前工资，扣除个税和社保后低于2500元），或者明确约定为税后实发工资但低于2500元，那么这种约定就是违法的。

法律建议

• 明确约定：公司和员工在签订劳动合同时，应当明确约定工资的构成、发放方式、扣除项目等，以避免产生不必要的争议。
• 遵守法律：公司应当依法代扣代缴个人所得税和社会保险费等，确保员工的实际收入不低于当地最低工资标准。
• 及时沟通：如果员工对工资发放有疑问或不满，应当及时与公司沟通，寻求解决方案。如果无法达成一致，可以向劳动仲裁机构或法院提起诉讼。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议。