事业单位在办理企业年金过程中受到上级部门否决，一般不可以直接通过劳动仲裁解决。以下从多个角度进行分析：

劳动仲裁的适用范围

劳动仲裁主要适用于解决用人单位与劳动者之间因劳动权利义务产生的争议，如劳动合同的签订、履行、变更、解除和终止，以及劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训、劳动保护等事项。然而，企业年金的办理与否，通常属于事业单位内部管理决策范畴，并不直接涉及劳动者与用人单位之间的具体劳动权利义务关系。因此，从劳动仲裁的适用范围来看，此类争议可能并不属于劳动仲裁的受理范围。

事业单位内部决策与上级部门管理

事业单位在办理企业年金时，需要遵循相关法律法规和政策规定，并可能受到上级部门的指导和监督。如果上级部门否决了事业单位的企业年金办理申请，这通常是因为该申请不符合相关政策要求或存在其他合理理由。这种否决行为更多体现的是上级部门对事业单位的管理和监督，而非直接针对劳动者与用人单位之间的劳动争议。因此，从这一角度来看，此类争议也不适合通过劳动仲裁来解决。

可能的解决途径

如果事业单位认为上级部门的否决决定存在不当之处，或者认为该决定损害了其合法权益，可以考虑通过以下途径来寻求解决：

1. 内部申诉：事业单位可以向上级部门提出申诉，说明其办理企业年金的合理性和必要性，并请求上级部门重新审议其申请。
2. 行政复议或行政诉讼：如果事业单位认为上级部门的否决决定违反了相关法律法规或政策规定，且内部申诉未能解决问题，可以考虑向上级部门的上一级行政机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。

注意事项

在处理此类争议时，事业单位需要注意以下几点：

1. 了解相关法律法规和政策规定：事业单位在办理企业年金时，应充分了解并遵守相关法律法规和政策规定，确保其申请符合相关要求。
2. 保留相关证据：事业单位在提出申诉或申请行政复议、行政诉讼时，应保留好相关证据材料，如申请文件、上级部门的否决决定等，以便在需要时提供证明。
3. 寻求专业法律帮助：如果事业单位在处理此类争议时遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的法律帮助，以确保其合法权益得到有效维护。

综上所述，事业单位在办理企业年金过程中受到上级部门否决时，一般不可以直接通过劳动仲裁来解决。如有需要，可以通过内部申诉、行政复议或行政诉讼等途径来寻求解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。