招标人与中标人订立背离合同实质性内容的协议的，将面临行政处罚，且相关协议条款可能被认定无效。具体分析如下：

1. 行政处罚依据与后果
   根据《中华人民共和国招标投标法》第五十九条及《中华人民共和国招标投标法实施条例》第七十五条，招标人与中标人若不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同，或订立背离合同实质性内容的协议（如价格、质量、履行期限等核心条款），将面临以下处罚：
   

• 责令改正：由行政监督部门（如发改委、住建部门等）要求双方限期修正违法行为；
  
• 罚款：对招标人及中标人处中标项目金额5‰以上10‰以下的罚款；
  
• 对单位直接责任人员处罚：若涉及国家机关工作人员，可能依法给予处分。
  

1. 协议条款效力问题
   背离实质性内容的协议条款可能被认定为无效。根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。若协议条款因背离招标文件和中标文件被认定为无效，双方需按原招标文件和中标文件确定的实质性内容履行合同，否则可能承担违约责任。

2. 实务中的风险延伸

• 信用惩戒：部分地区将此类违法行为纳入招投标领域信用评价体系，影响企业后续投标资格；
  
• 民事赔偿：若因协议无效导致一方损失，过错方可能需承担赔偿责任；
  
• 刑事风险：若存在串通投标、行贿受贿等行为，可能触犯《刑法》第二百二十三条（串通投标罪）或第一百六十四条（对非国家工作人员行贿罪）。
  

建议：招标人与中标人应严格依据招标文件和中标文件订立合同，避免修改实质性内容。若需调整，应通过合法程序（如补充协议）并确保不损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。如有具体案件或条款需分析，可直接向我咨询。