招标人与中标人订立背离合同实质性内容的协议，主要指的是在招标投标过程中，中标通知书发出后，招标人和中标人未按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，或者双方另行签订的协议与经过备案的中标合同实质性内容不一致的情形。以下是对这一问题的详细解释：
一、实质性内容的界定
在建设工程领域，合同的实质性内容通常包括工程价款、工程质量、工程期限等核心条款。这些条款直接关系到双方的权利义务，是合同的核心组成部分。如果招标人和中标人在订立合同时，对这些实质性内容进行了修改或变更，且未经过合法的程序（如重新招标、谈判等），就可能构成背离合同实质性内容的行为。
二、背离合同实质性内容的法律后果
合同效力问题：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。如果双方另行签订的协议背离了中标合同的实质性内容，该协议可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
- 无效的合同自始没有法律约束力，双方因此取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。
行政责任：
- 招标人和中标人背离合同实质性内容的行为，还可能受到行政主管部门的处罚。例如，可能被处以罚款、责令改正等行政处罚措施。
民事责任：
- 除了合同无效和行政责任外，招标人和中标人还可能因背离合同实质性内容而承担民事责任。例如，如果因背离合同实质性内容导致工程质量问题或工期延误等损失，受损方有权要求违约方承担赔偿责任。
三、实际案例与法律分析
在实际操作中，招标人和中标人背离合同实质性内容的行为并不罕见。例如，有些招标人在中标后，以各种理由要求中标人降低工程价款、缩短工期或提高工程质量标准等。这些行为都可能构成背离合同实质性内容的行为。
法律分析：
- 从法律角度来看，招标人和中标人应当严格遵守招标投标法的规定，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。任何背离合同实质性内容的行为都可能受到法律的制裁。
- 如果招标人和中标人确实需要变更合同实质性内容，应当通过合法的程序进行。例如，可以重新进行招标、谈判或签订补充协议等。但这些变更必须得到双方的一致同意，并符合相关法律法规的规定。
四、建议与措施
加强法律意识：
- 招标人和中标人应当加强法律意识，了解招标投标法的相关规定和合同实质性内容的重要性。在订立合同时，应当严格遵守法律法规和合同约定，避免背离合同实质性内容的行为。
完善合同条款：
- 在订立合同时，双方应当明确约定合同的实质性内容，并确保这些条款清晰、明确、无歧义。同时，可以在合同中约定变更合同实质性内容的程序和条件，以便在需要变更时能够依法进行。
加强监管与执法：
- 行政主管部门应当加强对招标投标活动的监管和执法力度，及时发现和纠正背离合同实质性内容的行为。对于违法行为，应当依法进行处罚，以维护招标投标市场的公平、公正和透明。
如果您在建设工程合同纠纷方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。