施工合同实质性内容背离招标文件，通常会被认定为无效合同，并可能面临相应的行政处罚和民事责任。以下从不同角度详细分析这一问题：
一、合同效力角度
无效合同认定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关司法解释，施工合同实质性内容（如工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等）背离招标文件的，该合同通常会被认定为无效。这是因为招标投标活动旨在确保公平竞争，保护国家利益、社会公共利益和招标投标活动当事人的合法权益，而合同实质性内容的背离破坏了这一原则。
无效合同后果：
- 合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。在施工合同中，这可能涉及工程款的结算、已完工程的处理、损失赔偿等问题。
二、行政处罚角度
处罚依据：
- 对于施工合同实质性内容背离招标文件的行为，相关行政主管部门（如住房和城乡建设部门）有权依据《中华人民共和国招标投标法》等法律法规进行处罚。
处罚措施：
- 处罚措施可能包括警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。具体处罚措施会根据违法行为的情节轻重、后果严重程度等因素综合确定。
三、民事责任角度
违约责任：
- 如果施工合同虽然实质性内容背离招标文件，但并未被认定为无效（例如，双方通过补充协议等方式对原合同进行了修改，且修改内容不违反法律法规的强制性规定），那么一方违反合同约定的，仍需承担违约责任。
侵权责任：
- 如果施工合同实质性内容背离招标文件的行为导致第三方（如其他投标人、业主等）遭受损失，那么违约方还可能需承担侵权责任。这要求违约方赔偿第三方因违约行为所遭受的实际损失。
四、实际操作建议
严格审查合同：
- 在签订施工合同前，双方应严格审查合同内容，确保合同实质性内容与招标文件一致。如有需要修改的地方，应通过合法程序进行修改，并确保修改内容不违反法律法规的强制性规定。
及时咨询专业律师：
- 如果对施工合同或招标文件的内容存在疑问或争议，应及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助双方避免法律风险。
保留相关证据：
- 在合同履行过程中，双方应保留好与合同相关的所有证据（如招标文件、施工合同、补充协议、往来函件等）。这些证据在发生争议时将起到至关重要的作用。
如有任何关于施工合同或招标投标方面的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律意见和解决方案。