针对您提出的“未验先投项目检查时已经拆除的如何认定”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
首先，我们需要明确“未验先投”的定义。根据《建设项目环境保护管理条例》的相关规定，“未验先投”指的是建设项目需要配套建设的环境保护设施未建成、未经验收或者验收不合格，即投入生产或者使用的行为。这包括四种具体情形：一是环境保护设施未建成即投入生产或使用；二是已建成但未经验收即投入生产或使用；三是已建设但验收不合格即投入生产或使用；四是在验收过程中弄虚作假并投入生产或使用。
接下来，针对您提到的“检查时已经拆除”的情况，我们需要考虑几个关键因素来认定是否构成“未验先投”：
拆除时间点：
- 如果拆除行为发生在建设项目投入生产或使用之前，且拆除的是未建成或未经验收的环境保护设施，那么该行为可能避免了“未验先投”的违法状态，但需进一步核实拆除的原因和合法性。
- 如果拆除行为发生在建设项目已经投入生产或使用之后，且拆除的是未经验收或验收不合格的环境保护设施，那么该行为并不能改变之前已经存在的“未验先投”的违法事实。
拆除后的影响：
- 拆除行为是否导致了环境污染或生态破坏的加剧或减轻，也是认定是否构成“未验先投”及后续处理的重要考虑因素。
- 如果拆除行为有效减轻了环境污染或生态破坏，可能在行政处罚时会作为从轻或减轻处罚的情节予以考虑。
法律适用：
- 根据新旧《建设项目环境保护管理条例》的衔接适用规则，如果“未验先投”的违法行为发生在旧条例施行期间，并一直连续或继续到新条例施行之后，那么应当适用新条例进行处罚。
- 即使项目在检查时已经拆除，但如果其“未验先投”的违法行为持续到了新条例施行之后，仍然需要按照新条例的规定进行处罚。
证据收集：
- 在认定过程中，需要收集充分的证据来证明建设项目的投入生产或使用时间、环境保护设施的建设和验收情况、以及拆除行为的具体时间和影响等。
- 这些证据可能包括环境影响评价文件、建设项目的施工和验收记录、现场检查笔录、照片或视频资料等。
综上所述，对于“未验先投项目检查时已经拆除”的情况，我们需要综合考虑拆除时间点、拆除后的影响、法律适用以及证据收集等因素来认定是否构成“未验先投”的违法行为，并据此进行相应的行政处罚。如果拆除行为发生在建设项目投入生产或使用之前，且避免了“未验先投”的违法状态，那么可能不构成违法行为；但如果拆除行为发生在之后，且不能改变之前已经存在的违法事实，那么仍然需要按照相关法律法规进行处罚。