结论前置：借款合同中约定由甲方所在地法院受理，但实际由乙方所在地法院受理了，这种情况是否合法，需分情况讨论，不一定不合法。
一、协议管辖的效力
根据《中华人民共和国民事诉讼法》（以下简称《民诉法》）的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
若借款合同中的管辖约定有效：
- 如果借款合同中明确约定了由甲方所在地法院管辖，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是有效的。
- 在这种情况下，如果乙方所在地法院受理了案件，且没有其他合法理由（如甲方所在地法院因特殊原因无法行使管辖权等），那么乙方所在地法院的受理行为可能构成程序上的瑕疵。但这并不意味着乙方所在地法院的判决一定无效，因为根据《民诉法》的相关规定，如果受诉法院已经对案件进行了审理并作出了判决，且该判决没有违反法定程序或实体法规定，那么该判决通常是有效的。不过，甲方可以在上诉或申请再审时提出管辖权异议。
若借款合同中的管辖约定存在瑕疵或无效：
- 如果借款合同中的管辖约定存在瑕疵（如约定不明确、违反级别管辖或专属管辖等），或者该约定被认定为无效（如因欺诈、胁迫等手段订立），那么该约定将不具有法律约束力。
- 在这种情况下，如果乙方所在地法院与争议有实际联系（如乙方住所地、合同履行地等），且符合级别管辖和专属管辖的规定，那么乙方所在地法院受理案件是合法的。
二、实际受理的合法性判断
除了考虑协议管辖的效力外，还需要考虑实际受理的合法性。这主要涉及到以下几个方面：
乙方所在地法院与争议的实际联系：
- 如果乙方所在地与争议有实际联系（如乙方是借款合同的借款人，且其住所地或合同履行地等在乙方所在地），那么乙方所在地法院受理案件是合理的。
级别管辖和专属管辖的规定：
- 乙方所在地法院受理案件时，必须遵守级别管辖和专属管辖的规定。如果案件属于中级人民法院或高级人民法院管辖的范围，或者属于专属管辖的案件（如因不动产纠纷提起的诉讼等），那么乙方所在地基层法院受理案件就是违法的。
甲方是否提出管辖权异议：
- 如果甲方在诉讼过程中提出了管辖权异议，并且该异议被法院采纳，那么乙方所在地法院可能需要将案件移送至有管辖权的法院。但如果甲方未提出管辖权异议或异议被驳回，那么乙方所在地法院继续审理案件就是合法的。
三、建议
对于甲方：
- 如果认为乙方所在地法院受理案件不合法，可以在诉讼过程中提出管辖权异议，并附上相关证据和法律依据。
- 如果对法院的管辖权裁定不服，可以在法定期限内上诉或申请再审。
对于乙方：
- 在签订借款合同时，应仔细审查合同中的管辖条款，确保其合法有效。
- 如果收到法院的受理通知后，认为法院对案件有管辖权，可以积极应诉并提交相关证据和法律依据。
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