合同中约定由乙方住所地人民法院管辖，这样的条款通常是有效的。以下从几个方面为你详细分析：
法律依据与有效性
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”这意味着，只要双方当事人在合同中明确约定了管辖法院，并且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么这样的约定就是有效的。
在你的情况中，合同中约定由乙方住所地人民法院管辖，这属于双方当事人书面协议选择管辖法院的情形，且通常不会违反级别管辖和专属管辖的规定（除非乙方住所地法院本身就不具备对该类案件的管辖权，比如案件应由中级人民法院管辖而乙方住所地法院是基层法院，或者案件属于专属管辖范围如不动产纠纷等）。因此，这样的约定在法律上是有效的。
实际应用与注意事项
明确约定：首先，合同中必须明确、具体地约定管辖法院，不能含糊不清或产生歧义。比如，不能只写“由乙方所在地法院管辖”，而应该明确写出乙方的具体住所地以及对应的法院名称。
不违反级别管辖和专属管辖：其次，要确保约定的管辖法院不违反级别管辖和专属管辖的规定。如果案件应由中级人民法院管辖而约定了基层法院，或者案件属于专属管辖范围而约定了其他法院，那么这样的约定就是无效的。
双方协商一致：最后，这样的约定必须是双方当事人协商一致的结果，不能是一方单方面强加给另一方的。如果一方在合同中单方面规定了管辖法院，而另一方没有表示同意或接受，那么这样的约定可能不会被法院认可。
可能的法律后果
如果合同中明确约定了由乙方住所地人民法院管辖，并且该约定符合上述条件，那么在发生合同纠纷时，双方当事人就应该按照约定向乙方住所地人民法院提起诉讼。如果一方违反约定向其他法院提起诉讼，那么另一方有权提出管辖权异议，要求法院将案件移送至约定的管辖法院审理。
建议：在签订合同时，双方当事人应该仔细阅读合同条款，特别是关于管辖法院的约定部分。如果有任何疑问或不确定的地方，应该及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。如果你在合同纠纷方面有任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。