协议中写明在原告所在地有效，这一条款的效力及影响需分情况讨论：
条款本身的有效性：
- 协议中的管辖条款，即约定由原告所在地法院管辖，通常是有效的。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。因此，只要该条款不违反法律的强制性规定，且是双方真实意思的表示，该条款就是有效的。
条款对诉讼程序的影响：
- 一旦协议中约定了原告所在地法院管辖，那么在发生纠纷时，原告就有权向其所在地法院提起诉讼。这在一定程度上方便了原告，减少了原告因诉讼而产生的交通、住宿等费用，也提高了诉讼效率。
- 对于被告而言，虽然可能需要到原告所在地应诉，但这也是双方协议约定的结果，被告应当遵守。当然，如果被告认为该条款存在欺诈、胁迫等情形，可以在诉讼中提出异议，请求法院认定该条款无效。
条款的潜在风险：
- 虽然约定原告所在地管辖有其便利之处，但也存在一定的风险。例如，如果原告恶意提起诉讼，选择对其有利的法院进行管辖，可能会给被告带来不必要的诉讼负担。
- 此外，如果协议中的管辖条款表述不清或者存在歧义，也可能导致双方在诉讼过程中产生争议，影响诉讼的顺利进行。
建议与注意事项：
- 在签订协议时，双方应当明确约定管辖条款，避免使用模糊、歧义的表述。同时，双方也应当充分了解该条款的法律后果，确保自己的权益得到保障。
- 如果双方对管辖条款存在争议或者不确定其效力，可以在签订协议前咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，协议中写明在原告所在地有效这一条款，在符合法律规定且是双方真实意思表示的情况下是有效的。它对诉讼程序有一定影响，既可能带来便利也可能存在风险。因此，在签订协议时，双方应当谨慎考虑并明确约定管辖条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。