合同约定由甲方所在地人民法院管辖的处理方式如下：

1. 合同条款的效力认定
   根据《民事诉讼法》第35条，合同双方可书面协议选择与争议有实际联系地点的法院管辖。若甲方所在地与合同履行地、签订地、标的物所在地或当事人住所地存在实际联系（如甲方注册地、主要办事机构所在地），该约定通常有效。法院会优先适用约定管辖，除非存在以下情形：

   • 约定违反级别管辖（如普通案件约定由中级法院管辖）；
     
   • 约定违反专属管辖（如不动产纠纷约定由非不动产所在地法院管辖）；
     
   • 约定不明确导致无法确定具体法院（如仅约定“甲方所在地”但甲方有多个住所地）。

2. 实务中的操作流程

   • 起诉阶段：原告需向甲方所在地法院提交起诉材料，法院会首先审查管辖权。若认为约定有效，将立案受理；若认为无效，会裁定移送至有管辖权的法院。
     
   • 被告应诉：若被告未在答辩期内提出管辖权异议，视为接受约定法院管辖，后续不得再以此抗辩。
     
   • 证据提交：原告需证明甲方所在地与合同的实际联系（如合同签订地、履行地等），以支持管辖约定的合法性。

3. 风险提示与建议

   • 约定明确性：建议在合同中明确甲方所在地的具体地址（如“甲方注册地：XX省XX市XX区”），避免因地址模糊导致管辖争议。
     
   • 公平性审查：若甲方利用优势地位单方面制定管辖条款，可能被认定为“格式条款无效”。根据《民法典》第497条，若条款排除对方主要权利或加重对方责任，法院可能不予支持。
     
   • 异地诉讼成本：若甲方所在地与原告距离较远，需提前评估诉讼成本（如差旅费、时间成本），必要时可协商补充约定仲裁条款以降低诉讼风险。

总结：合同约定甲方所在地法院管辖通常有效，但需满足实际联系、明确性及公平性要求。若您遇到具体合同纠纷，可提供合同文本及争议细节，我将进一步分析管辖条款的合法性及诉讼策略。