结论：在合同中约定了甲方所在地法院起诉，但实际在合同履行地起诉的情况下，法院的处理方式并非直接不受理并移送，而是会根据具体情况进行判断。

详细分析：

1. 协议管辖的效力：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 在本题中，合同中明确约定了甲方所在地法院为管辖法院，这是双方当事人的真实意思表示，且不违反法律强制性规定，因此该约定是有效的。

2. 法院的处理方式：

   • 如果原告在合同履行地法院提起诉讼，而合同中又明确约定了甲方所在地法院为管辖法院，那么合同履行地法院在受理案件后，会审查该管辖协议。
   • 若合同履行地法院认为该管辖协议有效，且不属于其管辖范围，那么它可能会将案件移送至甲方所在地法院。但这一过程并非直接不受理并移送，而是需要经过一定的审查程序。
   • 另一方面，如果合同履行地法院认为存在某些特殊情况（如紧急情况、涉及公共利益等），或者认为该管辖协议存在无效情形（如欺诈、胁迫等），那么它可能会选择继续审理该案件。

3. 特殊情况下的处理：

   • 需要注意的是，如果合同履行地法院在受理案件后，发现该案件属于其专属管辖范围（如不动产纠纷等），那么即使合同中有管辖协议，该法院也会继续审理该案件，而不会移送至其他法院。
   • 此外，如果双方当事人在合同履行过程中对管辖协议进行了变更或撤销，那么新的约定或撤销行为将具有法律效力，法院也会根据新的约定或撤销行为来确定管辖法院。

建议：

• 对于原告而言，在提起诉讼前应仔细审查合同中的管辖协议，确保选择正确的管辖法院以避免不必要的麻烦和成本。
• 如果原告已经在合同履行地法院提起了诉讼，但合同中又明确约定了其他管辖法院，那么原告应密切关注法院的审查动态，并根据法院的审查结果及时调整诉讼策略。
• 对于被告而言，如果收到合同履行地法院的传票或其他诉讼文书，但认为该法院不具有管辖权，那么被告应在法定期限内提出管辖权异议，以维护自己的合法权益。

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