未提交申请的加班是否有效，需结合公司规章制度、实际工作情况以及法律规定综合判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：

一、公司规章制度的影响

1. 明确规定的情形：

   • 如果公司的规章制度明确规定，员工加班必须提前填写申请单并获得批准，那么未填写申请单的加班可能不被视为有效加班。这是因为公司规章制度是员工与公司之间的一种约定，员工应严格遵守。
   • 建议：员工在加班前应仔细阅读公司规章制度，了解加班申请流程，确保加班的合法性和有效性。

2. 未明确规定的情形：

   • 如果公司没有明确规定加班必须填写申请单，或者规定不够明确具体，那么员工未填写申请单的加班仍有可能被视为有效加班。
   • 关键点：此时，关键在于证明加班事实的存在。员工可以通过考勤记录、工作成果、同事证言等方式来证明自己确实在法定工作时间之外提供了劳动。

二、实际情况的考量

1. 加班事实的认定：

   • 无论是否填写申请单，只要员工确实在法定工作时间之外提供了劳动，且该劳动是公司安排的或与公司业务相关，就应被认定为加班。
   • 例子：员工在紧急项目期间主动延长工作时间以完成任务，即使未填写申请单，也应视为加班。

2. 证据的重要性：

   • 在争议发生时，证据是判断加班是否有效的关键。员工应保留好加班的相关证据，如考勤记录、工作邮件、聊天记录等。
   • 建议：员工可以定期备份自己的工作记录，以便在需要时提供证明。

三、法律规定的保障

1. 劳动法的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
   • 意义：这意味着，无论是否填写申请单，只要员工加班事实成立，用人单位就应承担相应的法律责任，支付加班费。

2. 维权途径：

   • 如果用人单位以未填写申请单为由拒绝支付加班费，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
   • 流程：员工可以先与用人单位协商，协商不成可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的还可以向人民法院提起诉讼。

总结与建议：未提交申请的加班是否有效，不能一概而论。员工应首先了解公司规章制度，确保加班的合法性和有效性；同时，保留好加班的相关证据，以便在争议发生时提供证明。如果用人单位拒绝支付加班费，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。