结论前置：单位在员工受工伤三个月后报工伤认定，工伤科仍然认定了工伤，这种认定是有效的。不过，单位未及时申报可能会面临一定的法律后果，且可能影响员工享受工伤保险待遇的及时性。以下从多个角度进行详细分析：

一、工伤认定的时效性

根据《工伤保险条例》第十七条的规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。

单位未在30日内申报的后果：

• 如果单位未在规定时限内提交工伤认定申请，在此期间发生的符合本条例规定的工伤待遇等有关费用，原本应由工伤保险基金支付的部分，将由该用人单位负担。

员工或其近亲属、工会组织的申报权利：

• 用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

二、单位三个月后申报，工伤科仍认定工伤的合法性

• 认定有效：虽然单位未在30日内申报，但工伤科在三个月后仍然认定了工伤，这是合法的。因为法律并未规定超过30日就绝对不能认定工伤，只是规定了单位未及时申报的后果。只要员工或其近亲属、工会组织在1年内提出了申请，且符合工伤认定的条件，工伤科就可以进行认定。
• 可能的影响：单位未及时申报可能导致员工无法及时享受工伤保险待遇，如医疗费、停工留薪期工资等。此外，如果单位因此承担了原本应由工伤保险基金支付的费用，可能会对单位的经济利益产生一定影响。

三、建议与措施

1. 单位应尽快申报：为了避免不必要的法律后果和经济损失，单位应在员工发生工伤后尽快向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
2. 员工或其近亲属、工会组织应积极行使权利：如果单位未及时申报，员工或其近亲属、工会组织应在1年内及时提出申请，以保障员工的合法权益。
3. 保留相关证据：无论是单位还是员工，都应保留好与工伤相关的证据，如医疗记录、事故报告、证人证言等，以便在工伤认定过程中提供有力的支持。

总结来说，单位在员工受工伤三个月后报工伤认定，工伤科仍然认定了工伤，这种认定是有效的。但单位应意识到未及时申报可能带来的法律后果，并采取相应的措施来避免或减少这些后果。如果您在工伤认定或赔偿方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。