劳动仲裁申请加班费，并非因为没有提交加班申请单就一定不被认定。以下从不同角度为你详细分析：
加班事实的认定依据
加班申请单并非唯一证据：
- 加班申请单通常是公司内部用于管理加班流程的一种文件，但它并不是认定加班事实的唯一证据。在劳动仲裁中，仲裁庭会综合考虑多种证据来认定加班事实，包括但不限于考勤记录、工作记录、同事证言、电子邮件、短信、微信聊天记录等。
其他证据的效力：
- 考勤记录：如果公司有电子考勤系统或纸质考勤表，且记录显示你在正常工作时间外有打卡记录，这可以作为证明你加班的有力证据。
- 工作记录：如你因加班而完成的工作任务、报告、邮件等，也能间接证明你加班的事实。
- 同事证言：如果同事能够证明你加班的情况，他们的证言也可以作为证据之一。
- 通讯记录：与加班相关的电子邮件、短信、微信聊天记录等，如果能够显示你加班的时间、内容或与工作相关的讨论，也可以作为证据。
加班申请单缺失的影响及应对
影响：
- 加班申请单的缺失可能会使仲裁庭在认定加班事实时面临一定的困难，因为缺乏直接的书面证据。但这并不意味着加班事实就无法被认定，只要其他证据足够充分，仍然可以支持你的加班主张。
应对：
- 积极收集其他证据：如前所述，你可以积极收集考勤记录、工作记录、同事证言、通讯记录等其他证据来证明你的加班事实。
- 申请仲裁庭调查取证：如果某些证据由公司掌握而你无法获取，你可以在仲裁过程中申请仲裁庭进行调查取证。
- 合理说明加班申请单缺失的原因：如果加班申请单缺失是由于公司的原因（如未提供申请单、未保存申请单等），你可以在仲裁过程中合理说明这一情况，以减轻因缺失申请单而带来的不利影响。
法律建议
- 保留证据：在日常工作中，建议你尽量保留与加班相关的所有证据，包括但不限于加班申请单（如果有的话）、考勤记录、工作记录、通讯记录等。这些证据在未来的劳动仲裁中可能会起到关键作用。
- 及时咨询：如果你对加班费的认定或劳动仲裁流程有任何疑问或担忧，建议及时向我咨询。我可以根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
总结来说，劳动仲裁申请加班费时，加班申请单的缺失并不意味着加班事实就无法被认定。只要你能提供其他充分的证据来证明你的加班事实，仍然有可能获得加班费的支持。因此，在申请劳动仲裁时，不要过分依赖加班申请单这一单一证据，而是要积极收集和提供其他相关证据来支持你的主张。