交通肇事顶包后当事人主动投案，一般不能直接认定为自首。以下从多个角度进行分析：
一、自首的认定条件
根据《中华人民共和国刑法》第六十七条的规定，犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。这一规定明确了自首的两个核心要件：自动投案和如实供述自己的罪行。
二、交通肇事顶包后主动投案的情况分析
自动投案方面：
- 交通肇事顶包后，当事人虽然最终选择了主动投案，但这一行为是在顶包行为之后发生的。顶包行为本身是一种逃避法律追究的行为，与自动投案的初衷相悖。
- 自动投案要求犯罪嫌疑人在犯罪事实或犯罪嫌疑人未被司法机关发觉，或者虽被发觉但尚未受到讯问、未被采取强制措施时，主动、直接向司法机关投案。顶包行为显然不符合这一要求。
如实供述方面：
- 顶包行为往往伴随着对事实的隐瞒或歪曲。即使当事人后来主动投案，但如果其在投案时仍然隐瞒或歪曲顶包的事实，或者未如实供述自己在交通肇事中的具体行为和责任，那么就不符合如实供述的要件。
- 如实供述要求犯罪嫌疑人全面、真实地反映事故情况，包括事故发生的时间、地点、经过以及自己在事故中的具体行为等关键信息。顶包行为往往导致这些信息的失真或缺失。
三、司法实践中的认定
在司法实践中，法院会根据具体情况来判断交通肇事顶包后当事人主动投案是否构成自首。一般来说，如果当事人能够彻底放弃顶包行为，主动向司法机关投案，并如实供述自己的全部罪行（包括顶包行为和交通肇事行为），那么法院可能会根据具体情况考虑是否认定其为自首。但这种情况较为罕见，且需要严格的证据支持。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 交通肇事顶包后当事人主动投案，如果不符合自首的认定条件，那么将不能享受自首带来的从轻或减轻处罚的待遇。
- 顶包行为本身也可能构成包庇罪等犯罪，如果查证属实，当事人将面临相应的刑事处罚。
建议：
- 对于交通肇事当事人来说，发生事故后应立即停车、保护现场、抢救伤者，并向公安机关报案。这是法律规定的义务，也是避免更严重后果的正确选择。
- 如果已经发生了顶包行为，当事人应尽快向司法机关投案自首，并如实供述自己的全部罪行。虽然这不一定能构成自首，但至少可以表明其认罪态度，为后续的法律程序争取有利条件。
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