养殖公司租用民房是否合法，需分情况讨论，主要取决于租赁用途是否符合法律规定及房屋性质是否允许。以下从不同角度进行分析：
一、租赁用途的合法性
若租赁用途符合法律规定：
- 养殖公司租用民房用于合法养殖活动，且该活动不违反当地环保、规划、卫生等相关法律法规，同时不扰民、不损害他人合法权益，那么这种租赁行为在法律上是允许的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，不得违反法律，不得违背公序良俗。只要租赁行为不违反这些原则，且双方自愿达成租赁协议，即可视为合法。
若租赁用途违反法律规定：
- 如果养殖公司租用民房用于非法养殖活动，如未经许可擅自养殖禁止养殖的物种，或者养殖活动违反环保、规划等法律法规，那么这种租赁行为就是违法的。
- 法律后果：不仅可能面临行政处罚，如罚款、责令停止养殖等，还可能因违反合同约定而承担违约责任。
二、房屋性质的限制
民房作为居住用途的房屋：
- 民房通常设计用于居住，如果将其用于养殖活动，可能会改变房屋的使用性质，这需要得到相关部门的批准或符合当地的规定。
- 特殊情况：如果民房位于农村地区，且当地政策允许将民房用于农业养殖等辅助用途，那么养殖公司租用民房进行合法养殖活动可能是被允许的。但即便如此，也需要确保养殖活动不违反环保、卫生等要求。
房屋租赁合同的约定：
- 租赁双方应在合同中明确约定租赁用途、租赁期限、租金及支付方式等条款。如果合同中明确禁止将房屋用于养殖活动，而养殖公司仍擅自改变用途，那么将构成违约，需要承担相应的法律责任。
三、实际操作建议
了解当地政策：
- 养殖公司在租用民房前，应先了解当地关于房屋租赁和养殖活动的相关政策规定，确保租赁行为合法合规。
签订详细租赁合同：
- 租赁双方应签订详细的租赁合同，明确约定租赁用途、租赁期限、租金及支付方式、违约责任等条款，以避免后续纠纷。
办理相关手续：
- 如果租赁行为需要得到相关部门的批准或备案，养殖公司应及时办理相关手续，确保租赁行为的合法性。
总结来说，养殖公司租用民房是否合法，取决于租赁用途是否符合法律规定及房屋性质是否允许。在租用前，养殖公司应充分了解当地政策规定，签订详细的租赁合同，并办理相关手续，以确保租赁行为的合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。