法院会根据双方提交的证据及法律规定，审查用人单位未转正的行为是否合法，并据此作出相应判决。具体处理方式需结合以下角度分析：
劳动合同的约定与实际履行情况
若劳动合同中明确约定了试用期期限（如3个月），但用人单位未在期限内办理转正手续，且继续按试用期标准支付工资，则可能构成违法延长试用期。根据《劳动合同法》第19条，试用期只能约定一次且不得超过法定上限（如3年以上固定期限合同试用期不得超过6个月）。若用人单位违反，法院可能判决其补足工资差额（转正后工资与试用期工资的差额）并支付赔偿金（通常为违法延长试用期的工资损失）。
未转正是否影响员工权益
若用人单位虽未明确办理转正手续，但实际按转正后标准支付工资、缴纳社保，且员工未提出异议，法院可能认定双方已默认转正，用人单位无需承担责任。反之，若员工能证明未转正导致其无法享受转正后福利（如奖金、晋升机会），法院可能支持其赔偿请求，但需员工提供充分证据（如公司制度、同事证言等）。
用人单位的抗辩理由
若用人单位主张未转正系因员工考核不合格，需提供考核制度、考核结果及告知员工的证据。若无法证明考核程序合法（如未提前告知考核标准、未给予改进机会），法院可能不采纳其抗辩，仍认定其违法。
诉讼时效与举证责任
员工需在知道或应当知道权益受损之日起1年内提起劳动仲裁（特殊情况可延长）。举证责任上，员工需初步证明未转正的事实（如工资条、社保记录），用人单位则需证明其未转正的合法性（如考核文件、沟通记录）。
建议：若您面临此类纠纷，建议收集劳动合同、工资记录、考核文件等证据，并尽快咨询律师以评估案件胜诉率及赔偿金额。如有进一步问题，可直接向我提问。