若公司有明确加班制度，关于加班赔偿（或补偿）的问题，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 加班补偿的法定标准
   根据《劳动法》第四十四条，加班补偿与加班时段直接相关：

   • 工作日加班：支付不低于工资150%的加班费；
     
   • 休息日加班：若不能安排补休，支付不低于工资200%的加班费；
     
   • 法定节假日加班：支付不低于工资300%的加班费。
     关键点：公司制度不得低于法定标准，否则以法定标准为准。例如，制度规定休息日加班仅支付150%工资，该条款因违法无效，仍需按200%支付。

2. 公司制度合法性的判断

   • 程序合法：加班制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商），并公示或告知劳动者（如培训、签字确认）。若未履行程序，制度可能被认定为无效，劳动者仍可主张法定补偿。
     
   • 内容合法：制度不得排除劳动者权利（如“自愿加班无补偿”）、不得设定不合理条件（如“加班需经理批准，否则无补偿”）。若内容违法，相关条款无效。
     示例：公司制度规定“加班需提前申请，未申请者无补偿”，但劳动者能证明实际加班事实（如打卡记录、工作成果），法院可能支持劳动者主张法定补偿。

3. 劳动者主张补偿的证据要求

   • 加班事实证据：如考勤记录、加班审批单、工作邮件/聊天记录、同事证言等。
     
   • 工资标准证据：如劳动合同、工资条、银行流水等，以计算加班费基数（通常为劳动合同约定的工资，或实际发放的月工资扣除奖金、补贴后的平均值）。
     提示：若公司拒绝支付补偿，劳动者可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 特殊情形：综合计算工时制与不定时工时制

   • 综合计算工时制：以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，平均日/周工作时间不超过法定标准。周期内加班仅支付150%加班费（法定节假日仍按300%支付），休息日加班不额外支付（因已纳入周期计算）。
     
   • 不定时工时制：因工作性质特殊，无法按标准工时制安排，不适用加班补偿规定（但法定节假日加班仍需支付300%工资）。
     关键：公司需经劳动行政部门审批方可实行特殊工时制，否则仍按标准工时制处理。

总结：公司有加班制度时，劳动者需先判断制度是否合法（程序+内容），再根据加班时段主张法定补偿；若制度违法或证据充分，可直接主张权利。如有具体纠纷，可进一步提供细节，我会为您分析应对方案。