工程变更后超过中标价，需根据变更原因及合同约定分情况处理，具体如下：

1. 若因发包方原因导致变更
   根据《民法典》第八百零五条及《建设工程施工合同（示范文本）》通用条款，因发包方提出的工程变更（如设计调整、功能增加等）导致工程量或造价超过中标价，承包方有权要求发包方按照实际变更内容调整合同价款。操作建议：

   • 立即以书面形式向发包方提交《工程变更签证单》，附变更前后的图纸、工程量计算书、单价分析表等证据；
     
   • 若合同约定变更价款调整方式（如按定额计价、信息价调整等），按约定执行；若无约定，可协商参照中标价中的类似项目单价或市场价确定；
     
   • 保留变更导致工期延误的证据，同步主张工期顺延及可能的窝工损失赔偿。

2. 若因承包方原因导致变更
   若变更系承包方擅自修改设计、施工方案或未按图施工导致（如材料替换、工艺简化等），根据《民法典》第五百七十七条，承包方需自行承担超价部分费用，且可能面临发包方索赔。操作建议：

   • 立即停止违规变更行为，恢复原设计或施工方案；
     
   • 主动与发包方沟通，说明变更原因及补救措施，争取通过补充协议明确费用承担方式；
     
   • 若变更已造成质量或安全隐患，需承担修复费用及第三方损失赔偿责任。

3. 若因不可抗力或第三方原因导致变更
   如地质条件与勘察报告不符、政策调整（如环保停工）、第三方施工破坏等，根据《民法典》第一百八十条及合同约定，双方可协商分担超价部分。操作建议：

   • 24小时内向发包方及监理单位提交《不可抗力事件报告》，附现场照片、政府文件、第三方检测报告等证据；
     
   • 依据合同约定的风险分担条款（如“风险范围以外价款调整”条款）主张调整价款；
     
   • 若合同未约定，可引用《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500-2013）第9.10条“不可抗力导致的费用分担原则”作为依据。

关键风险提示：

• 无论何种原因，均需在变更发生后14日内提出价款调整申请，逾期可能被视为放弃权利（参考《建设工程施工合同（示范文本）》第10.5条）；
  
• 避免口头协商，所有变更内容及价款调整必须通过书面签证、补充协议等形式固定证据；
  
• 若发包方拒不调整价款，承包方可在工程竣工后通过诉讼或仲裁主张权利，但需注意诉讼时效为3年（自知道或应当知道权利受损之日起算）。

如有具体变更情形或合同条款需要分析，可直接向我提供详细资料，我将进一步为您梳理法律风险及应对策略。