在职公务员查出艾滋病后，并不构成违纪，单位不能因此将其开除，这种行为是违法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第三条：明确保障了劳动者的基本权益，包括不因疾病而被歧视或辞退。公务员作为劳动者的一部分，同样享有这一权益。
- 《中华人民共和国传染病防治法》第十六条：规定任何单位和个人不得歧视传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人。艾滋病作为乙类传染病，其患者受到该法的保护。
- 《中华人民共和国就业促进法》第三十条：明确用人单位招用人员，不得以是传染病病原携带者为由拒绝录用，除非经医学鉴定传染病病原携带者在治愈前或者排除传染嫌疑前，不得从事法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使传染病扩散的工作。这一条款同样适用于公务员的录用和管理。
- 《艾滋病防治条例》第三条：特别强调任何单位和个人不得歧视艾滋病病毒感染者、艾滋病病人及其家属，其享有的婚姻、就业、就医、入学等合法权益受法律保护。
二、违法行为的后果
如果单位因公务员查出艾滋病而将其开除，这种行为不仅违反了上述法律法规，还侵犯了公务员的合法权益。公务员有权向相关部门投诉，要求单位承担相应的法律责任。根据具体情况，单位可能面临以下后果：
- 经济赔偿：单位需要支付赔偿金，金额通常为经济补偿标准的两倍。经济补偿按公务员在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向公务员支付。
- 行政处罚：相关部门可能对单位进行罚款等行政处罚。
- 声誉损害：此类违法行为还可能对单位的声誉造成负面影响，影响其未来的招聘和业务发展。
三、特殊情况说明
虽然一般情况下单位不能因公务员查出艾滋病而将其开除，但如果公务员的艾滋病病情严重到无法胜任当前工作，且经过医学鉴定确实如此，同时单位已经为其提供了合理的岗位调整或工作安排，但公务员仍然无法胜任，那么单位在遵循相关法律法规和程序的前提下，可能会考虑解除劳动合同或调整岗位。但这种情况非常特殊，且需要严格的医学鉴定和程序保障。
四、建议与措施
- 了解并维护自身权益：公务员在面对就业歧视时，应勇敢站出来维护自己的合法权益。可以寻求法律援助或直接向我咨询，了解自己的权利和可行的维权途径。
- 加强宣传教育：社会各界应加强对艾滋病的宣传和教育，提高公众对艾滋病的认识和了解，消除对艾滋病患者的歧视和偏见。
- 完善单位内部管理：单位应完善内部管理制度，确保在录用和管理公务员时遵守相关法律法规，不歧视艾滋病患者，为他们提供平等的工作机会和待遇。
综上所述，在职公务员查出艾滋病后并不构成违纪，单位不能因此将其开除。如果遇到此类情况，公务员应勇敢维护自己的合法权益，并寻求专业的法律帮助。