结论：公司以旷工3天为由扣除2千元工资的做法是否合法，需结合具体情况判断，包括公司规章制度、旷工事实及扣除金额的合理性等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度需合法有效：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。规章制度需经民主程序制定，内容不违反法律、法规，且已向劳动者公示或告知。
- 若公司规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，且该制度合法有效，则公司有权依据制度对旷工员工进行处罚。
扣除工资需符合制度规定：
- 规章制度中应明确旷工与扣除工资的具体对应关系，如旷工一天扣除多少工资，或旷工达到一定天数后如何处理等。
- 若公司规章制度中未规定旷工3天可扣除2千元工资，或规定与扣除金额不符，则公司扣除2千元工资的做法可能缺乏依据。
二、旷工事实的角度
旷工事实需确凿：
- 公司需提供充分证据证明员工确实旷工3天，如考勤记录、监控录像、同事证言等。
- 若公司无法提供确凿证据证明员工旷工，则扣除工资的做法可能缺乏事实依据。
旷工原因需考虑：
- 若员工旷工是由于公司原因（如未安排工作、未提供劳动条件等）或不可抗力因素（如自然灾害、突发疾病等）导致，则公司扣除工资的做法可能不合理。
三、扣除金额合理性的角度
扣除金额需合理：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 若公司扣除的2千元工资超过了员工当月工资的20%，或扣除后员工工资低于当地最低工资标准，则扣除金额可能不合理。
综合考虑员工过错程度：
- 在判断扣除金额是否合理时，还需考虑员工的过错程度。若员工旷工行为情节轻微，未对公司造成重大损失，则公司扣除高额工资的做法可能过于严厉。
四、建议与行动
与公司沟通协商：
- 员工可首先与公司沟通协商，了解公司扣除工资的具体依据和理由，并要求公司提供相关证据和规章制度。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若员工认为公司扣除工资的做法不合理或违法，可向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
示例说明：假设员工当月工资为5000元，公司规章制度中规定旷工一天扣除当天工资，且未规定旷工达到一定天数后可额外扣除工资。若员工旷工3天，则公司最多只能扣除员工3天的工资（即5000元/21.75天*3天≈689.66元），而非2千元。若公司扣除2千元工资，则可能违反了相关规定。
进一步思考：在处理此类纠纷时，员工应保留好相关证据（如考勤记录、工资条、公司规章制度等），以便在需要时维护自己的权益。同时，公司也应完善规章制度，明确旷工与扣除工资的具体对应关系，并确保规章制度的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。