公务员长期不上班的处罚主体及程序，需根据其身份性质及具体情形，由有权机关依法依规处理，具体分析如下：
一、公务员身份与处罚主体
行政机关公务员
根据《中华人民共和国公务员法》第八十八条，公务员有“旷工或者因公外出、请假期满无正当理由逾期不归连续超过十五天，或者一年内累计超过三十天”情形的，予以辞退。
- 处罚主体：公务员所在单位或上级行政机关（如人事部门、监察部门）。
- 程序：
- 初步调查：单位核实旷工事实（如考勤记录、请假手续等）；
- 听取陈述申辩：告知公务员拟处理意见，允许其说明情况；
- 作出决定：经单位负责人集体讨论后，作出辞退决定并书面通知本人；
- 备案与归档：将处理结果报同级公务员主管部门备案。
参照公务员法管理的事业单位工作人员
此类人员虽非行政编制，但适用《公务员法》管理。若长期不上班，处罚程序与行政机关公务员一致，由所在单位或上级主管部门处理。
党群系统公务员（如党委、人大、政协等）
根据《中国共产党纪律处分条例》及党内法规，若涉及违纪行为（如长期旷工），由纪检监察机关（纪委监委）调查后，依规给予党纪政务处分（如警告、开除党籍等），或建议单位按《公务员法》处理。
二、特殊情形与处理原则
因病或非因工负伤长期缺勤
- 若公务员因病需长期治疗，应按《公务员法》第八十九条办理病假手续，单位需支付病假工资；
- 若未履行请假手续且旷工超限，仍可按第八十八条辞退，但需排除“因病无法请假”的合理情形。
涉嫌违法犯罪的
- 若公务员因涉嫌违法犯罪被羁押或服刑，单位应中止其职务，待司法程序终结后，根据结果处理（如开除公职）；
- 若未被羁押但长期不上班，仍按旷工处理，不受司法程序影响。
单位管理责任
- 若单位未及时处理长期旷工人员，上级机关可责令纠正；
- 若单位存在包庇、纵容行为，相关责任人可能被追究管理失职责任。
三、法律后果与救济途径
对公务员的后果
- 辞退决定生效后，公务员与单位的人事关系终止，不再享受公务员待遇；
- 若认为处理不当，可按《公务员申诉规定》向同级公务员主管部门或上级机关提出申诉，或通过行政复议、行政诉讼维权。
对单位的后果
- 若单位未依法处理旷工人员，可能被上级机关通报批评；
- 若因管理失职导致严重后果（如财政损失、社会影响），相关负责人可能被追责。
四、实务建议
对单位：
- 完善考勤制度，定期核查缺勤情况；
- 对长期不上班人员及时启动调查程序，避免程序瑕疵；
- 保留书面证据（如考勤记录、谈话笔录、送达回证等）。
对公务员：
- 严格遵守请假制度，非因特殊原因不得擅自离岗；
- 若因客观原因无法到岗，应及时补办手续并说明情况；
- 对处理决定有异议的，应在法定期限内提出申诉或诉讼。
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