公务员长期不上班，单位停发工资并不违法。下面我将从几个方面对此进行详细解释：

1. 公务员管理制度：

   • 公务员作为国家机关的工作人员，其管理遵循特定的法律法规，如《中华人民共和国公务员法》等。
   • 这些法律法规规定了公务员的权利与义务，以及相应的管理制度，包括考勤、请假、旷工等。

2. 长期不上班的法律后果：

   • 公务员如长期不上班，且未按照规定办理请假或休假手续，将构成旷工。
   • 根据相关规定，旷工可能面临行政处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
   • 在旷工期间，单位有权停发其工资及福利待遇。

3. 停发工资的合法性：

   • 单位停发长期不上班公务员的工资，是基于公务员管理制度和劳动纪律的正当行为。
   • 此举旨在维护单位的正常工作秩序和公务员队伍的纪律性。

4. 特殊情况说明：

   • 当然，也存在一些特殊情况，如公务员因公受伤、因病不能上班等，这些情况下单位应按照规定给予相应的工资及福利待遇。
   • 但这些特殊情况需要公务员提供相应的证明材料，并按照程序办理相关手续。

综上所述，公务员长期不上班且未按照规定办理请假或休假手续时，单位停发其工资并不违法。这是基于公务员管理制度和劳动纪律的正当行为。如果公务员对此有异议，可以通过正当途径提出申诉或复议。