公司部门搬迁但本厂还在，员工不愿意调岗的情况下，公司是否需要支付补偿，主要取决于劳动合同的约定、搬迁对劳动合同履行的影响以及公司的处理方式。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动合同约定
明确约定工作地点：
- 若劳动合同中明确规定了工作地点，且搬迁超出了该范围，导致员工无法继续履行合同（例如，原岗位因搬迁而消失，或新岗位与原岗位性质差异过大），公司需考虑支付经济补偿。
未明确约定或约定宽泛：
- 若合同未明确约定工作地点，或约定较为宽泛（如“本市范围内”），则公司在本市内的部门搬迁通常不构成违约。此时，员工因不愿调岗而拒绝前往新工作地点，可能难以获得补偿。
二、搬迁对劳动合同履行的影响
市内搬迁且影响较小：
- 若部门搬迁对员工的工作和生活产生的影响较小（如通勤距离增加不多，或公司提供了交通补贴、班车等便利条件），员工拒绝调岗可能难以获得补偿。
市内搬迁但影响重大：
- 若搬迁对员工的工作和生活产生重大不利影响（如通勤距离大幅增加、交通极为不便，且公司未能提供有效缓解措施），员工拒绝调岗并解除劳动合同的，公司应支付经济补偿。
跨部门或跨厂区搬迁（虽在同一厂内但实质影响大）：
- 即使搬迁在同一厂区内，但如果新工作地点与原工作地点相隔较远，且对员工的工作和生活产生重大影响，同样可能构成劳动合同订立时的客观情况发生重大变化。此时，若员工不愿调岗，公司应支付经济补偿。
三、公司的处理方式
合法合规处理：
- 公司应按照法律规定的程序处理搬迁事宜，包括提前通知员工、协商变更劳动合同内容、支付经济补偿等。若公司未按规定处理，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
提供便利与补偿：
- 为减轻搬迁对员工的影响，公司可考虑提供交通补贴、班车、住宿等便利条件，或与员工协商达成其他补偿协议。若公司提供了合理方案，员工仍拒绝调岗，公司可能无需支付补偿。
四、经济补偿标准
- 经济补偿按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 若公司违法解除劳动合同（如未经协商一致即强制调岗或解除劳动合同），还需支付赔偿金，标准为经济补偿标准的二倍。
实际操作建议
- 员工方面：应保留好与工作相关的证据，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等，以便在主张补偿时能够充分证明自己的权益。若与公司就补偿问题无法协商一致，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来解决争议。
- 公司方面：在搬迁前应充分了解员工的意愿和需求，制定合理的搬迁计划和补偿方案，以减少潜在的法律风险和纠纷。
综上所述，公司部门搬迁但本厂还在，员工不愿意调岗的情况下，公司是否需要支付补偿需综合考虑多方面因素。若您面临此类情况，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律意见和解决方案。