将劳动合同转成合作协议，其有效性和合法性取决于具体的内容和操作方式，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、从合同性质转变的角度
劳动合同与合作协议在法律性质上有显著差异。劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，它受到《劳动法》、《劳动合同法》等劳动法律法规的严格规范。而合作协议则通常是双方或多方为了共同的目标或利益，约定各自的权利和义务，共同合作完成某项任务或项目的协议，它更多地受到《民法典》合同编的调整。
若转变过程合法合规：如果双方在平等、自愿、协商一致的基础上，通过合法程序将劳动合同转变为合作协议，且新协议的内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种转变是有效的，也是合法的。例如，双方原本签订的是劳动合同，约定劳动者在用人单位从事某项工作。后来，双方协商一致，决定以合作的形式继续该工作，并签订了合作协议，明确了各自的权利和义务。这种情况下，转变是有效的。
若转变过程存在瑕疵：如果转变过程存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，或者新协议的内容违反了法律法规的强制性规定，损害了国家、集体或第三人的利益，那么这种转变是无效的，甚至可能构成违法行为。例如，用人单位利用自身优势地位，强迫劳动者将劳动合同转变为合作协议，并降低了劳动者的待遇和权益。这种情况下，转变是无效的，劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任。
二、从劳动者权益保护的角度
在将劳动合同转变为合作协议的过程中，必须充分考虑和保护劳动者的合法权益。
权益保障：合作协议应当明确约定双方的权利和义务，包括但不限于工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬、社会保险等。这些条款应当与原劳动合同中的相应条款相衔接，确保劳动者的权益不因合同性质的转变而受到损害。如果合作协议中的相关条款明显低于原劳动合同的标准，或者未对劳动者的权益进行充分保障，那么这种转变可能构成对劳动者权益的侵害。
法律责任：如果因转变合同性质而导致劳动者权益受损，劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任。这包括但不限于要求用人单位支付经济补偿、赔偿损失等。同时，如果用人单位的行为构成违法行为的，劳动者还可以向相关部门投诉举报，要求用人单位承担行政责任或刑事责任。
三、从实际操作的角度
在实际操作中，将劳动合同转变为合作协议需要注意以下几点：
协商一致：双方应当充分协商，就转变合同性质、新协议的内容等达成一致意见。任何一方不得强迫对方接受不合理的条款或条件。
书面形式：新协议应当采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。这有助于明确双方的权利和义务，避免后续产生纠纷。
备案登记：根据相关规定，某些类型的合作协议可能需要向相关部门进行备案登记。双方应当了解并遵守这些规定，确保新协议的合法性和有效性。
建议：在将劳动合同转变为合作协议之前，建议你仔细审查新协议的内容，确保它符合法律法规的规定，并充分保障你的合法权益。如果你对新协议的内容存在疑问或担忧，可以向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。