如果员工自己申请了工伤认定，但单位没有拿到工伤认定书，这通常意味着单位未能在规定的时限内为员工提出工伤认定申请。在这种情况下，我们需要从几个方面来详细解释可能产生的后果和应对措施：

首先，根据《工伤保险条例》的规定，职工发生事故伤害或者被诊断、鉴定为职业病后，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果单位未能在这一时限内提出申请，那么工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

其次，如果单位未按时提出工伤认定申请，那么在此期间（即从事故伤害发生之日或职业病确诊之日起到劳动保障行政部门受理工伤认定申请之日止）发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用，将由该用人单位负担。这意味着，如果员工在这段时间内产生了医疗费、护理费、交通费等工伤待遇相关费用，且这些费用符合工伤保险的报销范围，但由于单位未及时申请工伤认定，导致工伤保险不予报销，那么这些费用将需要由单位来承担。

再者，从法律责任的角度来看，如果单位未按时为员工申请工伤认定，还可能面临法律诉讼和相应的法律责任。例如，在之前提到的案例中，某建筑公司因未按时为受伤员工申请工伤认定，最终被法院判决承担员工在此期间产生的工伤待遇相关费用。

因此，对于单位来说，及时为员工申请工伤认定是非常重要的。如果单位确实因为某些原因未能及时申请，那么应该尽快与员工沟通，解释情况，并积极配合员工或其近亲属、工会组织进行后续的工伤认定申请工作。同时，单位也应该做好承担在此期间可能产生的工伤待遇相关费用的准备。

最后，我想强调的是，工伤保险法律制度的初衷是为了保障因工作发生事故遭受伤害或患职业病的职工获得医疗救治和经济补偿。因此，无论是单位还是员工，都应该积极遵守相关法律法规，确保工伤职工能够及时获得应有的保障和补偿。