在《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》中，关于事实认定不清的情形，主要涉及证据不足或矛盾、事实认定过程存在瑕疵、事实表述模糊或不明确以及法律适用与事实认定不匹配等方面，但该规定并未直接以条款形式明确列举“事实认定不清”的具体情形，而是通过规定证据的审核认定、举证责任分配等间接规范事实认定过程。以下是对这些情形的详细归纳和解释：

1. 证据不足或矛盾

   • 主要证据缺失：行政机关作出行政行为时未收集到关键证据，导致无法全面、准确地认定事实。例如，在行政处罚案件中，若未收集到违法行为发生的现场照片、视频或证人证言等直接证据，可能构成事实认定不清。
   • 证据之间相互矛盾：行政机关收集的证据之间存在冲突，无法形成完整的证据链。例如，不同证人的证言相互矛盾，或者物证与书证不一致，导致事实难以认定。
   • 证据真实性存疑：证据的来源不合法，或者证据的内容被篡改、伪造，导致证据的真实性无法确认。这种情况下，基于不可靠证据认定的事实自然也是不清的。

2. 事实认定过程存在瑕疵

   • 调查程序不规范：行政机关在调查取证过程中未遵循法定程序，如未告知当事人权利、未进行必要的询问或检查等，可能影响事实认定的准确性和公正性。
   • 事实认定方法不当：行政机关在认定事实时采用了不科学、不合理的方法，导致事实认定不准确。例如，仅凭主观臆断或猜测来认定事实，而非基于客观证据和合理推理。
   • 忽视相关因素：行政机关在认定事实时未考虑所有相关因素，或者对某些重要因素视而不见，导致事实认定片面或不完整。

3. 事实表述模糊或不明确

   • 事实描述不清：行政机关在行政决定或相关法律文书中对事实的描述模糊不清，无法让人准确理解事实的全貌。这种情况下，事实认定自然也是不清的。
   • 关键信息遗漏：行政机关在认定事实时遗漏了关键信息，导致事实认定不完整。例如，在认定违法行为时未明确违法的具体情节、时间、地点等要素，使得事实难以被准确认定。

4. 法律适用与事实认定不匹配

   • 法律条款适用错误：行政机关在适用法律条款时出现了错误，导致对事实的定性不准确。例如，将一种违法行为误定为另一种违法行为，并适用了错误的法律条款，这也会间接导致事实认定不清。
   • 法律解释不当：行政机关在对法律条款进行解释时出现了偏差，导致对事实的认定与法律规定不符。这种情况下，事实认定同样可能被视为不清。

在行政诉讼中，若法院认为行政机关认定的事实存在上述情形之一或多项，可能认定行政机关的事实认定不清，并据此作出相应的判决或裁定。例如，法院可能撤销或部分撤销行政机关的行政行为，并要求行政机关重新作出行政行为；或者法院也可能直接变更行政机关的行政行为，以纠正事实认定不清的问题。

建议：在行政诉讼中，当事人应充分关注证据的收集和提交，确保证据的充分性、真实性和关联性。同时，当事人也应关注行政机关在事实认定过程中是否存在程序瑕疵或方法不当等问题，并在诉讼中及时提出异议和反驳。如有需要，当事人可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。