行政诉讼中主要证据不足、认定不清楚，通常属于实体违法。以下从不同角度为您详细分析：
一、从行政诉讼的审查标准来看
在行政诉讼中，法院会对行政行为的合法性进行全面审查，这包括对行政行为所依据的事实证据、法律适用以及程序是否合法等方面的审查。其中，事实证据的充分性和认定事实的清晰性是审查行政行为合法性的重要方面。如果行政机关在作出行政行为时，主要证据不足，或者对事实的认定不清楚，那么该行政行为就可能因缺乏充分的事实依据而被认定为违法。
二、从实体违法与程序违法的区分来看
实体违法主要指的是行政行为在内容上违反了法律、法规的规定，包括主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序但影响当事人权利义务等情形。而程序违法则主要指的是行政行为在作出过程中违反了法定的程序要求。虽然主要证据不足和认定不清楚在表面上可能与程序无关，但实际上，它们直接影响了行政行为内容的合法性和合理性，因此更倾向于被认定为实体违法。当然，如果证据不足或认定不清是由于违反法定程序（如未依法调查取证、未听取当事人陈述申辩等）导致的，那么也可能同时构成程序违法。
三、从具体案例和司法实践来看
在司法实践中，法院在审理行政诉讼案件时，如果发现行政机关作出的行政行为主要证据不足或认定事实不清楚，通常会判决撤销或部分撤销该行政行为，并可能责令行政机关重新作出行政行为。这种判决结果实际上就是对行政行为实体违法性的认定。
四、法律建议
对于行政机关而言：在作出行政行为时，必须确保所依据的事实证据充分、确凿，对事实的认定必须清楚、明确。如果证据不足或认定不清，就可能导致行政行为被撤销或确认违法，从而损害行政机关的公信力和执行力。
对于行政相对人而言：如果认为行政机关作出的行政行为主要证据不足或认定事实不清楚，可以通过行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。在提起行政诉讼时，应提供充分的证据来证明行政行为的违法性，并请求法院判决撤销或变更该行政行为。
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