在行政赔偿诉讼中，认定事实不清的情形主要包括以下几个方面：
证据不足或矛盾
- 主要证据缺失：行政机关在作出行政行为时，若未收集到关键证据，导致无法全面、准确地认定事实，即构成事实不清。例如，在行政处罚案件中，若仅凭一份未经核实的举报信，而无现场照片、视频或证人证言等直接证据，就难以构成充分的事实依据。
- 证据之间相互矛盾：行政机关收集的证据之间若存在冲突，无法形成完整的证据链，也会导致事实认定不清。比如，不同证人的证言相互矛盾，或者物证与书证不一致，使得法院难以判断事实真相。
- 证据真实性存疑：若证据的来源不合法，或者证据的内容被篡改、伪造，导致证据的真实性无法确认，同样会被视为事实不清。
事实认定过程存在瑕疵
- 调查程序不规范：行政机关在调查取证过程中，若未遵循法定程序，如未告知当事人权利、未进行必要的询问或检查等，可能影响事实认定的准确性。
- 事实认定方法不当：行政机关在认定事实时，若采用了不科学、不合理的方法，如仅凭主观臆断或猜测来认定事实，显然不符合事实认定的基本要求。
- 忽视相关因素：行政机关在认定事实时，若未考虑所有相关因素，或者对某些重要因素视而不见，导致事实认定片面或不完整，也会构成事实不清。
事实表述模糊或不明确
- 事实描述不清：行政机关在行政决定或相关法律文书中，若对事实的描述模糊不清，无法让人准确理解事实的全貌，即构成事实表述不清。
- 关键信息遗漏：行政机关在认定事实时，若遗漏了关键信息，如违法的具体情节、时间、地点等要素，导致事实认定不完整，同样会被视为事实不清。
法律适用与事实认定不匹配
- 法律条款适用错误：行政机关在适用法律条款时，若出现了错误，如将一种违法行为误定为另一种违法行为，并适用了错误的法律条款，会导致对事实的定性不准确，从而构成事实不清。
- 法律解释不当：行政机关在对法律条款进行解释时，若出现了偏差，导致对事实的认定与法律规定不符，也会构成事实不清。
法律依据与后果：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条的规定，行政行为若主要证据不足，人民法院将判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为。这一规定是认定行政行为事实不清的主要法律依据。
- 一旦行政行为被认定为事实不清，人民法院将根据具体情况判决撤销、部分撤销或变更该行政行为，以纠正行政机关的错误，维护法律的公正性和权威性。
建议：
- 在行政赔偿诉讼中，若你认为行政机关的行为存在事实认定不清的情形，可以积极收集证据，证明行政机关在作出行政行为时证据不足、程序瑕疵或法律适用错误等。
- 同时，你也可以咨询专业律师（即我本人，杨娟律师），以获取更具体的法律建议和帮助，确保你的权益得到充分保障。
希望以上分析能对你有所帮助，如果你有任何其他法律问题，欢迎直接向我咨询。