在总包与分包发生争议并进入诉讼程序时，鉴定人是可以参考发包人与总包的中标合同单价的，但具体是否参考及如何参考，需结合案件具体情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、鉴定人参考中标合同单价的合法性基础
在建设工程领域，合同单价是双方约定工程价款的重要依据，具有法律约束力。当总包与分包因工程价款等问题发生争议并诉诸法律时，鉴定人作为独立的第三方专业机构，其职责是对争议事项进行客观、公正的评估和鉴定。在此过程中，参考发包人与总包的中标合同单价，有助于鉴定人更准确地把握工程价款的合理范围，从而作出更为公正的鉴定结论。
二、参考中标合同单价的具体情形
分包合同未约定单价或约定不明：
- 若分包合同中未明确约定工程单价或约定不明确，且双方无法就单价达成一致意见时，鉴定人可以参考发包人与总包的中标合同单价，作为确定分包工程价款的参考依据。
分包合同单价明显偏离市场合理水平：
- 若分包合同中的单价明显高于或低于市场合理水平，且双方对此存在争议时，鉴定人可以结合发包人与总包的中标合同单价、市场行情、工程实际情况等因素，对分包工程单价进行合理调整。
涉及工程变更或新增项目：
- 在工程实施过程中，若发生工程变更或新增项目，且分包合同中未对此类情况的价款调整作出明确约定时，鉴定人可以参考发包人与总包的中标合同单价中类似项目的单价，作为确定变更或新增项目价款的参考依据。
三、参考中标合同单价时需注意的问题
合同相对性原则：
- 尽管鉴定人可以参考发包人与总包的中标合同单价，但需注意合同相对性原则。即分包合同与总包合同是两个独立的合同关系，分包工程的价款确定应主要依据分包合同的约定。只有在分包合同约定不明或存在争议时，才可参考总包合同单价。
市场行情与工程实际情况：
- 鉴定人在参考中标合同单价时，还需结合市场行情、工程实际情况等因素进行综合判断。不同时间、不同地点的市场行情可能存在差异，工程实际情况也可能因设计变更、施工条件变化等因素而发生变化。因此，鉴定人需对中标合同单价进行适当调整，以确保鉴定结论的公正性和合理性。
法律程序与证据规则：
- 在诉讼过程中，鉴定人需遵循法律程序和证据规则。其鉴定结论需经双方当事人质证和法院审查认可后，才能作为定案依据。因此，鉴定人在参考中标合同单价时，需确保所依据的证据材料真实、合法、有效，并符合法律程序要求。
总结来说，鉴定人在总包与分包争议诉讼中参考发包人与总包的中标合同单价是合法的，但需结合案件具体情况和法律规定来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。