结论：法院鉴定书中的材料单价在特定情况下应作为重要参考依据，但需结合合同约定、纠纷性质及法律规定综合判断。以下分情况说明：

1. 合同有明确约定时

若纠纷双方签订的合同中已对材料单价作出明确约定（如固定单价、调价机制等），且合同合法有效，则鉴定书中的单价通常不直接替代合同约定。此时应优先适用合同条款，除非存在以下情形：

• 合同约定违反法律强制性规定（如显失公平、恶意串通）；
  
• 合同未约定单价调整方式，但实际履行中因市场波动导致显失公平；
  
• 鉴定书中的单价系基于合同约定计算得出（如合同约定“按市场价结算”，鉴定机构通过市场调查确定单价）。
  

法律依据：
《民法典》第510条（合同未约定或约定不明时的补充协议）、第511条（价格不明时的市场价参考）。

2. 合同无约定或约定不明时

若合同未对材料单价作出明确约定，或约定模糊导致无法执行，则鉴定书中的单价可作为关键证据，但需满足以下条件：

• 鉴定机构具备相应资质，鉴定程序合法；
  
• 单价确定方法科学合理（如市场调查、成本分析等）；
  
• 鉴定书已依法送达双方并经质证，无相反证据推翻其结论。
  

法律依据：
《民事诉讼法》第66条（证据种类）、第85条（鉴定意见的审查）。

3. 纠纷性质影响参考效力

• 质量纠纷：若争议焦点为材料质量是否达标，单价可能仅作为辅助参考，重点需审查材料是否符合合同或国家标准。
  
• 价格纠纷：若争议焦点为材料价格是否合理，鉴定书中的单价可能成为核心证据，但需结合市场行情、交易习惯等综合判断。
  
• 工程量纠纷：若争议涉及工程量与单价的乘积，鉴定书需同时明确工程量和单价，二者缺一不可。
  

风险提示：
若对鉴定书中的单价有异议，应在举证期限内申请重新鉴定或补充鉴定，并提交相反证据（如同期市场报价、其他交易记录等）。

4. 例外情形：鉴定书存在瑕疵时

若鉴定书存在以下问题，其单价可能不被采纳：

• 鉴定机构或人员无资质；
  
• 鉴定程序违法（如未通知当事人到场）；
  
• 单价确定方法明显不合理（如仅依据单方报价）；
  
• 鉴定书未依法送达或未经质证。
  

法律依据：
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第36条（鉴定意见的审查）、第40条（重新鉴定的情形）。

建议：
若您涉及材料单价纠纷，建议结合合同条款、鉴定书内容及市场行情综合分析，必要时委托律师对鉴定书进行质证或申请重新鉴定。如有具体案件，可直接向我提供合同、鉴定书等材料，我将进一步为您分析。