结论：在施工许可证尚未下来的情况下，是否按照合同约定支付预付款，需结合合同条款、法律规定及实际风险综合判断。以下从法律风险、合同条款、实务操作三个角度展开分析：
一、法律风险角度：可能构成违法发包，但预付款支付本身不直接违法
根据《建筑工程施工许可管理办法》第十二条，未取得施工许可证擅自施工的，由主管部门责令改正，对建设单位和施工单位处以罚款。但该规定主要针对“开工行为”，而非“合同签订或预付款支付”。
关键点：
- 预付款支付属于合同履行行为，与“开工”是不同阶段。若合同明确约定“预付款支付不以施工许可证为前提”，则支付行为本身不直接违反施工许可制度。
- 但若支付预付款后立即开工，则可能因“未许可施工”被处罚，此时建设单位和施工单位需共同承担责任。
二、合同条款角度：需严格审查合同约定
施工合同中关于预付款的条款通常包括支付条件、时间、比例及违约责任。若合同明确约定“预付款支付不依赖于施工许可证”，则建设单位需按约支付，否则可能构成违约，需承担违约金或赔偿损失。
实务建议：
- 审查合同条款：重点看预付款支付是否以“施工许可证取得”为前提。若未明确约定，则根据《民法典》第五百一十条，双方可协商补充；协商不成，按合同相关条款或交易习惯确定。
- 风险规避条款：建议在合同中增加“如因施工许可证未取得导致合同无法履行，双方互不承担违约责任”的条款，以降低法律风险。
三、实务操作角度：需权衡利弊与风险
即使合同允许支付预付款，建设单位仍需谨慎操作：
- 行政处罚风险：若支付后立即开工，可能面临罚款（对单位处3万元以下罚款，对直接责任人员处2000元以下罚款）。
- 工程质量风险：未取得施工许可证的工程可能因手续不全被责令停工，导致工期延误、材料浪费等损失。
- 保险理赔风险：部分工程保险（如建筑工程一切险）可能以“施工许可证”为生效条件，未取得许可证可能导致保险拒赔。
操作建议：
- 若施工许可证办理进度可控（如已提交申请且预计短期内取得），可按合同约定支付预付款，但需明确约定“施工许可证取得前不得开工”。
- 若施工许可证办理存在不确定性（如规划、消防等手续未通过），建议暂缓支付预付款，或要求施工单位提供等额履约担保（如银行保函）以降低风险。
总结
施工许可证未下来时支付预付款，法律上不直接禁止，但需结合合同条款和实际风险综合判断。建议优先审查合同条款，明确支付条件；若合同无明确限制，可支付但需严格禁止开工；同时评估行政处罚、工程质量及保险理赔等风险，必要时通过补充协议或担保措施规避风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。