没有施工许可证付工程预付款是不合法的。下面我将从法律角度详细解释这一点：
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国建筑法》以及相关法律法规，施工许可证是建筑施工项目合法开展的前提。未取得施工许可证，意味着项目尚未获得合法的施工资格。
- 在此情况下，支付工程预付款将违反相关法律法规对于建筑施工项目合法性的要求。
合同效力与风险：
- 没有施工许可证，相关的施工合同可能被视为无效合同。在合同无效的情况下，支付预付款将缺乏合法的合同基础。
- 即使合同中有关于预付款的约定，但由于合同本身的无效性，该约定也无法得到法律的保护。
- 支付预付款后，若项目因无法取得施工许可证而停工或取消，预付款的追回将面临极大的法律风险。
实际操作建议：
- 在支付工程预付款之前，务必确认项目已经取得了合法的施工许可证。
- 如果项目尚未取得施工许可证，建议暂停支付预付款，并与对方协商解决方案，如等待许可证的取得或修改合同条款等。
- 如果已经支付了预付款且项目无法继续，应及时咨询专业律师，寻求法律帮助以挽回损失。
综上所述，没有施工许可证付工程预付款是不合法的，且存在极大的法律风险和实际操作风险。因此，在支付工程预付款之前，请务必确认项目的合法性以及合同的效力。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。