未办理施工许可证的项目原则上不能合法支付进度款，但需结合具体情形分析法律风险与实务操作空间。以下从法律强制性规定、合同效力、行政处罚风险及实务操作建议四个角度展开说明：

1. 法律强制性规定：支付进度款可能面临行政处罚

根据《中华人民共和国建筑法》第七条及《建筑工程施工许可管理办法》第三条，未取得施工许可证擅自施工属于违法行为，建设单位和施工单位均可能被责令改正、罚款（对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款；对施工单位处3万元以下罚款）。
若在未取得许可证的情况下支付进度款，可能被认定为“默许或推动违法施工”，建设单位可能因“未履行法定管理职责”被追加处罚，甚至影响后续工程验收、备案等环节。

2. 合同效力风险：进度款支付条款可能被认定无效

若施工合同中明确约定“以取得施工许可证为付款前提”，则未办证时支付进度款构成违约，施工单位有权拒绝接收或要求返还；
若合同未明确约定，但施工行为本身违法，根据《民法典》第一百五十三条，违反法律强制性规定的合同条款可能被认定无效，建设单位可能面临进度款被追回的风险。

3. 实务操作中的“变通”风险

部分项目中，建设单位与施工单位可能通过“预付款”“材料款”等名义变相支付进度款，但此类操作存在以下风险：

• 审计风险：政府投资项目或涉及国有资金的项目，审计部门可能认定款项支付不合规，要求追回或调整财务记录；
  
• 税务风险：款项性质与实际用途不符可能导致税务机关质疑发票合法性，引发补税、罚款等后果；
  
• 纠纷风险：若项目烂尾或发生质量事故，双方可能因“违法施工”责任划分产生争议，已支付的进度款可能被要求按过错比例返还。

4. 合规建议：优先补办许可证再付款

• 立即停工补办：若项目尚未被行政主管部门查处，应立即停止施工，尽快补办施工许可证，再按合同约定支付进度款；
  
• 协商调整合同：若因客观原因无法立即办证，可与施工单位协商签订补充协议，明确“办证前暂停支付进度款，但可预支部分人工/材料费用”，并约定办证后的补偿机制；
  
• 留存证据：若已支付部分款项，需保留付款凭证、沟通记录等证据，证明款项性质为“预支”而非“进度款”，降低后续纠纷风险。

总结：未办施工许可证时支付进度款存在法律和实务双重风险，建议优先通过合规途径解决问题。若您涉及具体项目，可进一步提供合同条款、行政处罚情况等信息，我将为您定制风险规避方案。