结论：施工合同明确约定水电费由甲方免费提供的情况下，结算时扣除定额水电含量一般不合理，但需结合合同具体条款、履行情况及行业惯例综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 合同条款的优先效力

根据《民法典》第465条，依法成立的合同对当事人具有法律约束力。若合同明确约定“水电费由甲方免费提供”，则该条款构成双方权利义务的核心依据。结算时甲方单方扣除定额水电含量，可能构成违约，除非：

• 合同存在例外条款：如约定“定额水电含量超支部分由乙方承担”，或“甲方提供水电的总量不超过定额标准”；
• 乙方实际用量显著超出合理范围：例如乙方恶意浪费水电，甲方可依据《民法典》第509条（诚实信用原则）主张调整费用，但需承担举证责任。

2. 定额水电含量的性质

定额水电含量通常是施工预算中的估算值，用于控制成本，但不必然等同于甲方免费提供的上限。若合同未将定额与免费供应量挂钩，甲方无权以“超定额”为由扣款。反之，若合同明确“免费供应量以定额为限”，则超出部分可能需乙方承担。

3. 行业惯例与公平原则

• 行业惯例：部分施工合同会约定“水电费按实际发生量结算，但甲方提供定额内免费供应”。若此类惯例已写入合同或为双方明知，可能影响判决；
• 公平原则：若乙方因施工工艺、天气等客观原因导致水电用量增加，且无过错，甲方扣款可能违反《民法典》第6条（公平原则），法院可能不予支持。

4. 实务建议

• 审查合同全文：重点查看“水电费承担”“定额标准”“结算方式”等条款，确认是否存在歧义或补充约定；
• 固定证据：保存水电费缴纳记录、施工日志、监理签证等，证明实际用量及合理性；
• 协商或诉讼：若甲方扣款无依据，可先书面异议，协商不成时依据《民事诉讼法》提起诉讼，主张继续履行合同或赔偿损失。

提示：施工合同纠纷常涉及条款解释、证据固定等专业问题，建议携带合同文本向我进一步咨询，以便针对性分析。