结论：工程已交工4年，甲方是否要扣除水电费，这主要取决于双方签订的合同条款以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的约定：

   • 如果双方在合同中明确约定了工程交工后甲方有权扣除水电费，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么甲方在交工4年后仍然有权依据合同条款扣除水电费。
   • 如果合同中没有明确约定或者约定不明确，那么甲方扣除水电费的行为可能缺乏合同依据，此时需要依据相关法律法规和行业惯例来判断。

2. 相关法律法规的规定：

   • 在没有合同约定或者合同约定不明确的情况下，可以参考《中华人民共和国民法典》中关于合同履行和费用承担的相关规定。一般来说，如果水电费是工程实施过程中产生的必要费用，且双方没有约定由哪一方承担，那么可能需要根据公平原则和行业惯例来判断。
   • 另外，如果甲方扣除水电费的行为违反了法律法规的强制性规定，比如超过了法定的诉讼时效期间（虽然诉讼时效通常适用于债权请求权，但此处可类比理解为甲方主张扣除费用的权利行使期限），或者侵犯了乙方的合法权益，那么该行为可能被认定为无效。不过，就水电费扣除而言，更关键的是合同约定和费用发生的合理性，而非直接适用诉讼时效制度，除非双方就水电费支付有明确的债权债务关系且约定了支付期限。

3. 行业惯例和公平原则：

   • 在建设工程领域，水电费通常被视为工程实施过程中的必要费用。如果双方没有明确约定由哪一方承担，那么可以根据行业惯例和公平原则来判断。例如，如果水电费是乙方在施工过程中实际使用的，且甲方没有提供水电设施或者承担水电费用的义务，那么乙方可能需要承担这部分费用。但是，这并不意味着甲方可以在交工多年后随意扣除水电费，而是需要在合理的时间内提出并结算。

4. 实际操作建议：

   • 对于乙方而言，如果甲方提出扣除水电费的要求，首先应当审查合同条款，看是否有相关约定。如果没有约定或者约定不明确，可以要求甲方提供水电费的实际发生情况和计算依据，并进行核实。
   • 如果双方无法就水电费扣除问题达成一致意见，可以考虑通过协商、调解或者诉讼等方式解决争议。在诉讼过程中，法院会根据合同条款、相关法律法规以及行业惯例等因素来综合判断甲方是否有权扣除水电费以及扣除的金额是否合理。

特殊情况说明：如果工程交工后，双方已经进行了结算并且结算中未包含水电费项目，或者甲方在交工后的合理期限内未提出扣除水电费的要求，那么甲方在交工4年后再提出扣除水电费的要求可能缺乏合理性和合法性。

总结与建议：工程已交工4年甲方是否要扣除水电费，需要综合考虑合同条款、相关法律法规、行业惯例以及公平原则等因素。如果双方无法自行解决争议，建议寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。