结论：是否扣除土建定额中的水电费，需依据合同具体条款来确定。若合同明确约定施工水电费由甲方承担，且未提及扣除土建定额中的水电费，则通常不应扣除；若合同中有相关扣除约定，则需按约定执行。

详细分析：

1. 合同条款的明确性：

   • 在土建合同中，关于施工水电费的承担以及是否扣除土建定额中的水电费，应当有明确的条款约定。这是解决此类纠纷的关键依据。
   • 如果合同中明确规定了“施工水电费由甲方承担”，并且没有附加任何关于扣除土建定额中水电费的条件或说明，那么从合同解释的角度来看，通常不应再扣除土建定额中的水电费。

2. 合同条款的模糊性或缺失：

   • 如果合同中关于施工水电费的承担以及扣除土建定额中水电费的问题没有明确约定，或者约定模糊，那么就需要根据合同的其他条款、行业惯例以及相关法律法规来综合判断。
   • 在这种情况下，双方可能会产生争议。甲方可能认为，既然承担了施工水电费，那么土建定额中的水电费就不应再单独计算；而乙方（施工单位）则可能认为，土建定额中的水电费是施工成本的一部分，应由甲方另行承担。

3. 行业惯例与法律法规：

   • 在建设工程领域，行业惯例和法律法规也是解决合同纠纷的重要参考。如果行业惯例或相关法律法规对施工水电费的承担以及扣除土建定额中水电费的问题有明确规定，那么应当遵循这些规定。
   • 然而，需要注意的是，行业惯例和法律法规通常只能作为辅助性的判断依据，不能替代合同条款的明确约定。

4. 实际操作建议：

   • 对于此类问题，最好的解决方式是在合同签订前就明确约定清楚。双方可以就施工水电费的承担、是否扣除土建定额中的水电费等问题进行充分协商，并在合同中明确写明。
   • 如果合同已经签订且存在争议，双方可以首先尝试通过友好协商来解决。如果协商不成，可以考虑寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。在极端情况下，也可以通过法律诉讼来解决纠纷。

后续行动建议：

• 仔细审查合同条款，特别是关于施工水电费承担和扣除土建定额中水电费的部分。
• 如果合同条款不明确或存在争议，建议与对方进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
• 如果协商不成，可以考虑咨询专业的法律人士或机构，以获取更具体的法律建议和帮助。

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