上班打卡后与公司发生劳动争议去申请劳动仲裁，一般不算旷工，但具体情况需根据多个因素综合判断。以下是详细分析：

1. 员工权利与维权行为：

   • 员工有权利维护自身合法权益，因劳动纠纷等事宜去申请仲裁是其正当行为。这是基于劳动者享有劳动争议处理的权利，不应因进行合法的维权行为而遭受不合理的对待，如被认定为旷工。

2. 单位规章制度与旷工定义：

   • 判断是否旷工应依据用人单位的规章制度中关于旷工的明确规定。如果规章制度中未将去仲裁明确规定为旷工情形，那么就不能以此为由认定为旷工。
   • 然而，如果用人单位的规章制度明确规定在上班期间去仲裁属于旷工行为，且该规定是合法、合理且经过民主程序制定并向员工公示的，那么此时去仲裁就可能会被认定为旷工。

3. 单位态度与事先沟通：

   • 如果员工在正常工作时间内，经单位同意或安排后去申请仲裁，显然不应认定为旷工。
   • 如果员工未事先获得单位同意，但申请仲裁与工作相关且经单位知晓并默许，也可不认定为旷工。
   • 反之，如果员工擅自离开工作岗位去申请仲裁，且单位对此持反对态度，那么可能会被视为旷工。

综上所述，上班打卡后与公司发生劳动争议去申请劳动仲裁是否算旷工，并非一个绝对的问题。它取决于多个因素，包括员工的维权行为是否正当、单位规章制度如何规定、单位对此事的态度以及员工是否事先与单位沟通等。因此，在具体情况中，需要综合考虑这些因素来做出判断。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。