结论前置：用假名入职，在辞职时公司是否结算工资，这主要取决于公司是否已经知晓并认可了您使用假名这一事实，以及双方是否就工资结算达成了相关约定。不过，从法律层面讲，无论您使用何种姓名入职，只要您为公司提供了劳动，公司就应当支付相应的工资。
详细分析：
法律义务层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这一规定并未将劳动者的真实姓名作为支付工资的前提条件，而是强调了劳动者提供了劳动这一事实。
- 因此，即使您使用了假名入职，只要您确实为公司提供了劳动，公司就应当支付您相应的工资。
公司知晓与认可层面：
- 如果公司在您入职时并未发现您使用假名，且在您辞职前也未对此提出异议，那么可以认为公司已经默认接受了您使用假名这一事实。在这种情况下，公司应当按照您实际提供的劳动支付工资。
- 如果公司在您入职后发现了您使用假名，并对此提出了异议，或者要求您提供真实身份信息，而您未能提供，那么公司可能会以此为由拒绝支付工资或采取其他措施。但这种情况并不改变您已经为公司提供了劳动的事实，公司仍然应当支付您已经提供的劳动所对应的工资。不过，如果公司因此遭受了损失（如因您使用假名导致的招聘成本增加、管理成本上升等），公司可能会通过法律途径向您追偿。
双方约定层面：
- 如果在入职时或工作过程中，您与公司就工资结算问题达成了相关约定（如使用假名不影响工资结算等），那么公司应当按照约定支付工资。
- 如果没有相关约定，那么公司仍然应当按照法律规定支付工资。
建议与风险提示：
- 建议：为了避免不必要的纠纷和风险，建议您在入职时使用真实姓名，并确保与公司签订的劳动合同等文件中的信息真实准确。如果已经使用了假名入职，建议您尽快与公司沟通并说明情况，以便双方能够就工资结算等问题达成一致意见。
- 风险提示：使用假名入职可能涉及欺诈等法律问题，如果公司因此遭受了损失并选择通过法律途径追偿，您可能会面临法律责任。因此，请务必谨慎对待这一问题。
后续行动：如果您已经使用了假名入职并即将辞职，但担心公司不会结算工资，建议您先与公司进行沟通协商，明确双方的权利和义务。如果协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。