结论：单位主体发生改变后，员工在新单位签订合同继续工作，在原单位是否能拿到经济补偿，需根据具体情况判断，主要分为能拿到经济补偿和不能拿到经济补偿两种情况。
一、能拿到经济补偿的情况
原单位主动解除劳动合同：
- 如果原单位因主体变更（如被合并、分立、注销等）而主动解除与员工的劳动合同，并且没有按照法律规定向员工支付经济补偿，那么员工有权要求原单位支付经济补偿。
- 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位因客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同，并应当向劳动者支付经济补偿。
新单位不承认原工作年限：
- 如果员工在新单位签订劳动合同时，新单位不承认员工在原单位的工作年限，导致员工在原单位的工作年限无法连续计算，且原单位未支付经济补偿，员工在符合一定条件下（如因原单位原因导致劳动合同解除），可以要求原单位支付经济补偿。但这种情况较为复杂，需具体分析合同条款、变更过程及双方协商情况。
- 特殊情形：若原单位与新单位在主体变更过程中有明确约定，由新单位承接原单位的经济补偿责任，且新单位未履行该约定，员工则有权要求新单位承担相应责任。不过，这通常需要依据具体的变更协议或合同条款来确定。
二、不能拿到经济补偿的情况
劳动合同继续履行：
- 如果单位主体发生改变后，员工与新单位签订的劳动合同实质上是对原劳动合同的继续履行（如工作年限连续计算、工作岗位和待遇不变等），且原单位已经按照法律规定履行了相关义务（如支付了应支付的费用、办理了相关手续等），那么员工在原单位通常无法再拿到经济补偿。
- 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。在这种情况下，员工的经济补偿权益通常不会受到影响，但也不会因为主体变更而额外获得经济补偿。
员工自愿放弃：
- 如果员工在单位主体变更过程中自愿放弃了要求原单位支付经济补偿的权利（如通过签订协议、接受补偿方案等方式），那么员工在原单位就无法再拿到经济补偿。
建议与提醒：
- 在面对单位主体变更的情况时，员工应仔细审查新签订的劳动合同条款，特别是关于工作年限、经济补偿等方面的约定。
- 如果对合同条款或变更过程有疑问或不满，员工应及时与用人单位沟通协商，必要时可以寻求法律援助或咨询专业律师。
- 保留好与原单位和新单位相关的所有文件和证据，以备不时之需。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。