员工用公司发票是否违法，需视具体情况而定，但核心原则是必须在合法合规的框架内进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、合法情况下的开票行为
在企业日常运营中，安排员工担任发票开票人是常见且合法的操作。根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法规，企业作为开票主体，有权指定具体人员来操作开票系统、填开发票信息。员工在公司的正常业务流程和财务制度框架下，如实开具与实际经营业务相符的发票，是履行工作职责的正当行为。例如，财务人员根据公司销售订单和发货记录为客户开具增值税专用发票，并填写真实姓名，这完全符合法律要求。
二、存在违法风险的情形
然而，如果员工在开票过程中存在以下行为，则可能构成违法：
虚开发票：
- 定义：在没有真实业务发生的情况下开具发票，或者开具的发票金额、内容与实际业务不符。
- 法律后果：根据《中华人民共和国发票管理办法》，虚开发票是严重违法行为。情节较轻的，税务机关将没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，将并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。即使员工是受公司指使进行虚开，也可能面临法律责任。
偷税漏税：
- 风险描述：公司通过不当开票行为逃避纳税义务，如少报收入或多列支出。
- 法律后果：税务部门将对此类行为进行严厉打击，并对公司和个人实施相应处罚，包括罚款、滞纳金，甚至可能涉及刑事责任。
不按规定开具发票：
- 风险点：未按照规定的时限、顺序、栏目一次性开具发票，或未加盖发票专用章等。
- 法律后果：税务机关可以责令改正，并可处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。
违反公司内部规定：
- 风险说明：即便员工的开票行为没有直接违反税法，但若违反了公司内部规定或流程，也可能构成违规，并可能受到公司内部的纪律处分。
三、员工应对与建议
为了确保开票行为的合法性和规范性，员工应采取以下措施：
- 审查义务：在开具发票时，仔细审查发票的真实性、合法性，确保与实际业务相符。
- 拒绝违法指令：如遇公司要求违法开票，员工有权拒绝，并向相关部门（如税务机关、公司高层）反映。
- 咨询专业意见：对开票事宜有疑问时，及时咨询专业的财务或税务人员，以避免法律风险。
- 公司培训与管理：公司应加强对员工的相关培训和管理，确保开票行为的合规性，包括提供必要的法律知识和操作技能培训。
总结：员工用公司发票本身并不违法，但必须严格遵守相关税收法规和公司内部规定。在合法合规的前提下，员工可以担任发票开票人并履行相应职责。然而，一旦涉及虚开发票、偷税漏税等违法行为，员工将可能面临严重的法律后果。因此，员工在开具发票时应保持谨慎和警惕，确保所有行为均符合法律法规要求。