结论：病假3天要扣本休1天的做法是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若符合特定条件或公司规章制度合法且经民主程序制定并公示，则可能合法。以下从不同角度进行分析：

一、一般情况下的不合法性

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及《劳动法》的相关规定，员工在病假期间，用人单位应当按照法律规定支付病假工资或疾病救济费，且不得随意扣除员工的正常休息日工资。病假是员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业应该根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期，并在医疗期内支付病假工资或疾病救济费。因此，在一般情况下，公司不能因员工病假而扣除其本休日的工资。

二、可能合法的特殊情况

1. 公司规章制度合法且经民主程序制定并公示：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了病假与本休日的抵扣方式，并且该规章制度是经过民主程序制定、内容合法且已向员工公示的，那么这种抵扣方式可能是合法的。但即便如此，也需确保抵扣后的工资不低于当地最低工资标准的80%，且不得违反其他法律法规的强制性规定。

2. 双方协商一致：

   • 如果员工与公司就病假与本休日的抵扣问题达成了协商一致，且这种协商不违反法律法规的强制性规定，那么这种抵扣方式也是合法的。但这种情况较为少见，因为员工通常不会主动同意扣除自己的休息日工资。

三、法律建议

1. 审查公司规章制度：

   • 员工应首先审查公司的规章制度，了解其中关于病假与本休日抵扣的规定。如果规章制度中未明确规定或规定不合法，员工有权拒绝扣除本休日工资。

2. 与公司协商：

   • 如果员工认为公司的做法不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司按照法律规定支付病假工资或疾病救济费，并不得扣除本休日工资。

3. 寻求法律援助：

   • 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

四、可能的法律后果

如果公司违法扣除员工病假期间的本休日工资，员工有权要求公司补发工资，并可能要求公司支付经济补偿金。同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚。

总结：病假3天要扣本休1天的做法在一般情况下是不合法的。但如果公司的规章制度合法且经民主程序制定并公示，或者双方协商一致，且不违反法律法规的强制性规定，则可能合法。员工在遇到此类问题时，应首先审查公司规章制度，与公司协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。