停发干部工资是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若停发工资有合法依据：
- 法律依据与程序合规：如果用人单位（如政府部门、企事业单位等）因干部存在严重违纪、违法、失职等行为，且经过合法程序（如调查、听证、决定等）后，依据相关法律法规或单位规章制度决定停发其工资，那么这种停发行为是合法的。例如，根据《中华人民共和国公务员法》的相关规定，公务员因违纪违法等行为可能受到降级、撤职、开除等处分，其中部分处分可能伴随工资的调整或停发。
- 具体情形示例：假设某干部因贪污受贿被立案调查，在调查期间，单位可能依据内部规定或相关法律法规，暂时停发其工资，待调查结果出来后再作进一步处理。这种情况下，停发工资是合法的。
若停发工资无合法依据：
- 违法性与后果：如果用人单位无正当理由（如个人恩怨、偏见等）停发干部工资，或者停发工资的程序不合法（如未经过合法调查、听证等程序），那么这种停发行为是违法的。干部有权要求用人单位补发工资，并可能依法追究用人单位的法律责任。
- 具体情形示例：假设某干部因与单位领导发生争执，领导便擅自决定停发其工资，且没有经过任何合法程序。这种情况下，停发工资就是违法的，干部可以通过法律途径维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于干部而言：如果遭遇无故停发工资的情况，首先应与用人单位沟通，了解停发工资的原因和依据。如果认为停发工资的行为违法或不合理，可以收集相关证据（如工资条、停发通知、工作记录等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，甚至通过诉讼途径维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言：在决定停发干部工资时，必须确保有合法依据和合规程序。否则，可能面临法律风险和声誉损失。建议用人单位在停发工资前，先咨询专业律师或法律顾问的意见，确保决策的合法性和合理性。
可能涉及的法律后果：
- 如果停发工资的行为被认定为违法，用人单位可能需要补发工资、支付赔偿金，甚至可能面临行政处罚或刑事责任（如构成拒不支付劳动报酬罪等）。
总之，停发干部工资是否合法，取决于停发的原因、依据和程序是否合法合规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。