当综合执法部门查到过期食品时，通常会依据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定进行处罚。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国食品安全法》第三十四条第十项的规定，禁止生产经营标注虚假生产日期、保质期或者超过保质期的食品、食品添加剂。若商家销售过期食品，即构成违法。
二、处罚措施
没收违法所得和违法生产经营的食品：
- 综合执法部门会依法没收商家销售过期食品所获得的违法所得。
- 同时，会没收商家库存的过期食品，以防止其继续流入市场。
罚款：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条的规定，若商家违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足一万元的，可并处五万元以上十万元以下罚款。
- 若货值金额一万元以上的，则并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款。
- 在实际执法中，罚款的具体数额还会考虑商家的违法情节、社会危害程度、是否配合调查及整改等因素。例如，在宁明县亭亮镇国贤便利店的案例中，由于涉案金额少、社会危害性小，且商家积极配合调查并整改，最终被处以500元的罚款。
其他可能的处罚：
- 在情节严重的情况下，综合执法部门还可能吊销商家的许可证。
- 若商家的行为构成犯罪，还将依法追究其刑事责任。
三、执法流程
现场检查：
- 综合执法部门会对商家的经营场所进行现场检查，发现过期食品后，会依法进行查扣。
调查取证：
- 执法部门会收集相关证据，如现场笔录、实施行政强制措施决定书、财物清单、询问笔录、现场检查照片等，以证明商家的违法行为。
告知与听证：
- 在作出行政处罚决定前，执法部门会向商家送达行政处罚告知书，告知其违法事实、处罚依据和拟作出的处罚决定。
- 商家有权在法定期限内提出陈述或申辩，甚至要求听证。
作出处罚决定：
- 执法部门会根据调查结果和商家的陈述申辩情况，依法作出行政处罚决定。
执行与监督：
- 商家应在收到处罚决定书之日起十五日内缴纳罚款。逾期不缴纳的，执法部门将依法加处罚款，并申请人民法院强制执行。
- 商家如对处罚决定不服，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。
四、建议与提醒
- 商家应严格遵守食品安全法规：确保所售食品在保质期内，并履行好进货查验及索证索票制度。
- 消费者应提高警惕：在购买食品时，注意查看生产日期和保质期，避免购买过期食品。
- 社会共治：鼓励消费者积极举报销售过期食品等违法行为，共同维护食品安全环境。
综上所述，综合执法部门查到过期食品时，会依据相关法律法规进行严肃处理，以保障消费者的食品安全和合法权益。