在供货和发票不是同一主体的情况下，确定原告的关键在于实际权益受损方及法律关系的直接关联方，通常可能是供货方或实际购买方（或合同相对方），具体需结合实际情况判断。以下从不同角度详细分析：
一、从合同关系角度分析
若存在书面买卖合同：
- 合同相对性原则：根据《民法典》合同编的规定，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同双方当事人。因此，如果供货方与购买方签订了书面买卖合同，且合同中明确约定了供货、付款及发票开具等条款，那么当发票开具主体与供货方不一致时，若购买方因此遭受损失（如无法抵扣税款等），购买方有权依据合同向供货方主张权利，此时购买方可作为原告；反之，若供货方因发票问题遭受损失（如被税务机关处罚等），且该损失与购买方有关，供货方也可作为原告向购买方主张权利。
- 例外情况：如果合同中明确约定了发票开具的具体主体，且该主体与供货方不同，但购买方对此明知并接受，那么在此情况下，因发票问题产生的纠纷可能更多地涉及合同履行过程中的细节问题，双方仍可根据合同约定协商解决，或依据合同约定确定原告。
若无书面买卖合同：
- 实际履行情况：在没有书面合同的情况下，法院通常会根据实际履行情况来推断双方的法律关系。如果供货方实际提供了货物，且购买方接受了货物并支付了货款（或部分货款），那么双方之间可能构成了事实上的买卖合同关系。此时，若发票开具主体与供货方不一致，且因此产生了纠纷，实际供货方或实际购买方均可作为原告，具体取决于谁因发票问题遭受了实际损失。
二、从税务法律关系角度分析
发票的合法性及税务责任：
- 根据《税收征收管理法》及《发票管理办法》的规定，发票的开具应当真实、合法、有效，且应当与实际交易相符。如果发票开具主体与供货方不一致，且该发票被税务机关认定为无效或违法发票，那么可能涉及税务违法问题。
- 税务违法责任的承担：在此情况下，如果供货方或购买方因发票问题被税务机关处罚或要求补缴税款等，那么遭受损失的一方有权作为原告向责任方（可能是供货方、购买方或发票开具方）主张赔偿。
税务筹划与合规性：
- 在一些复杂的商业交易中，双方可能会进行税务筹划以降低税负。然而，这种筹划必须在法律允许的范围内进行。如果因税务筹划导致发票开具主体与供货方不一致，且因此产生了纠纷或税务风险，那么相关方可能需要承担法律责任，并可能因此成为诉讼中的原告或被告。
三、实际操作建议
- 收集证据：无论作为原告还是被告，在涉及供货和发票不一致的纠纷中，收集并保存相关证据至关重要。这包括但不限于买卖合同、供货单、收货单、付款凭证、发票、沟通记录等。
- 咨询专业律师：由于此类纠纷可能涉及复杂的法律关系和税务问题，因此建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据具体情况分析双方的法律关系、责任承担及诉讼策略等。
- 协商解决：在可能的情况下，双方可以尝试通过协商解决纠纷。这不仅可以节省时间和成本，还可以维护双方的商业关系。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
在处理此类纠纷时，务必根据实际情况和法律规定来综合判断原告的身份及责任承担问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。