工作时间按照自然日计算是否合法，需根据具体情况和劳动合同的约定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同约定优先：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，工作时间的计算方式首先应遵循劳动合同中的约定。
   • 如果劳动合同中明确约定工作时间按照自然日计算，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种计算方式是合法的。

2. 法律法规的强制性规定：

   • 法律法规对工作时间有明确的强制性规定，如每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时等。这些规定旨在保护劳动者的休息权和健康权。
   • 如果按照自然日计算工作时间导致劳动者的工作时间超过法律法规的强制性规定，那么这种计算方式就是违法的。例如，如果劳动合同约定劳动者每天工作24小时，这显然违反了法律法规对工作时间的限制。

3. 特殊工时制度的适用：

   • 在某些特殊行业或岗位，如医疗、交通、能源等，可能实行不定时工作制或综合计算工时工作制。这些特殊工时制度需要经过劳动行政部门的批准，并按照相关规定执行。
   • 在这些特殊工时制度下，工作时间的计算方式可能不同于标准的每日8小时工作制。但是，即使实行特殊工时制度，也必须确保劳动者的工作时间不超过法律法规的强制性规定，并保障劳动者的休息权和健康权。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在实际案例中，如果劳动者认为按照自然日计算工作时间违法，可以向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起仲裁或诉讼。仲裁机构或法院会根据劳动合同的约定、法律法规的强制性规定以及特殊工时制度的适用情况等因素进行综合判断。
   • 如果仲裁机构或法院认定按照自然日计算工作时间违法，那么用人单位可能需要承担相应的法律责任，如支付加班费、赔偿损失等。

建议：

• 对于劳动者而言，在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于工作时间的约定。如果发现合同中的约定违反法律法规的强制性规定或不合理，应及时与用人单位协商修改。
• 对于用人单位而言，应遵守法律法规的强制性规定，合理确定劳动者的工作时间，并保障劳动者的休息权和健康权。如果需要实行特殊工时制度，应按照相关规定进行申请和审批。

可能后果：

• 如果按照自然日计算工作时间违法，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起仲裁或诉讼，要求用人单位支付加班费、赔偿损失等。
• 用人单位如果违反法律法规的强制性规定，可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。

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