工资按自然日计算在符合法律法规规定的前提下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
合法性依据
法律法规支持：
- 《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》并未对工资的计算方式作出强制性的统一规定。根据《中华人民共和国劳动法》第四十七条，用人单位有权依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。这意味着，按自然日计算工资的方式在法律上是被允许的，只要该方式不违反法律法规的强制性规定。
支付形式与周期：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。这并不意味着按自然日计算工资违法。实际上，日工资的计算可以作为月度支付的基础。只要双方约定明确且符合法律法规，按自然日计算并按月支付工资是可行的。
计算方法与注意事项
日工资计算公式：
- 若采用按自然日计算工资，通常的日工资计算公式为：日工资 = 月工资收入 ÷ 当月实际自然日天数（但需注意，这种计算方式可能因月份天数不同而导致日工资波动，因此更常见的做法是使用月计薪天数21.75天来计算，即日工资 = 月工资收入 ÷ 21.75）。不过，若双方明确约定按自然日计算，且该约定不违反法律法规，也是可行的。
实际出勤与工资调整：
- 当月实际出勤天数少于应出勤天数（按自然日计算）时，应根据实际出勤情况调整工资。例如，若员工因请假等原因未出勤，则应从月工资中扣除相应天数的工资。
法定节假日与加班工资：
- 即使采用按自然日算工资的方式，用人单位也应按照法律规定支付劳动者在法定节假日、休息日以及加班时的工资报酬。具体为：节假日加班必须按照三倍工资支付，公休日按照200%支付，平时加班按照150%支付。
明确约定与合同保障：
- 工资的计算方式和支付周期应在劳动合同或协议中明确约定，以保障双方的权益。这有助于避免后续因工资计算方式不明确而产生的纠纷。
实际应用场景
非全日制用工：
- 在非全日制用工中，工资按自然日计算非常常见且合法。根据《劳动合同法》规定，非全日制用工小时计酬标准不得低于用人单位所在地人民政府规定的最低小时工资标准，劳动报酬结算支付周期最长不得超过十五日。
特殊用工或临时性工作：
- 对于临时性、季节性的工作，按自然日计算工资也普遍适用。例如建筑行业中短期工程的临时工，只要每天的工资标准合理，不低于当地最低工资标准，并及时支付，就是合法的。
法律建议
- 明确约定：在签订劳动合同时，务必与用人单位明确工资的计算方式、支付周期以及加班工资的支付标准等关键条款。
- 保留证据：保留好与工资计算相关的证据，如考勤记录、工资条等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
- 及时沟通：若对工资计算方式有疑问或发现用人单位存在违法行为，应及时与用人单位沟通或向劳动行政部门投诉。
综上所述，工资按自然日计算在遵守相关法律法规的前提下是合法的。用人单位需确保计算方法的合规性，并在劳动合同中明确相关条款，以维护双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。