结论前置：合同中约定了仲裁条款的情况下，法院通常是没有管辖权的，但存在仲裁协议无效等特殊情形时，法院可能获得管辖权。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁条款的效力与法院管辖权的排除
核心要点：根据《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，一旦合同中明确约定了仲裁条款，双方就应当通过仲裁方式解决争议，而不得再向人民法院提起诉讼，从而排除了法院的管辖权。
实例说明：假设甲公司与乙公司签订了一份买卖合同，并在合同中明确约定了如发生纠纷应提交某仲裁委员会进行仲裁。后来，因合同履行问题产生争议，甲公司若直接向法院起诉，法院将不会受理此案，而是会告知甲公司按照仲裁协议的约定向约定的仲裁委员会申请仲裁。
二、仲裁协议无效的情形
尽管仲裁条款通常具有排除法院管辖权的效力，但在某些特殊情况下，仲裁协议可能被认定为无效，此时法院可能获得管辖权。这些情形包括但不限于：
无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议：如果仲裁协议是由无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的，那么该仲裁协议将被认定为无效。
约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围：如果仲裁协议中约定的仲裁事项超出了法律规定的仲裁范围，例如涉及身份关系、婚姻、继承等不能通过仲裁解决的争议，那么该仲裁协议也将被认定为无效。
一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议：如果一方在订立仲裁协议时采取了胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议，那么该仲裁协议同样将被认定为无效。
三、仲裁协议无效后的处理
当仲裁协议被认定为无效时，当事人可以向人民法院提起诉讼来解决争议。此时，法院将根据合同纠纷的性质和管辖规定来确定是否具有管辖权。如果合同中存在有效的管辖条款，法院将依据该条款来确定管辖；如果没有有效的管辖条款，法院将根据法定管辖原则来确定管辖。
四、建议与注意事项
谨慎订立仲裁协议：当事人在订立合同时，应谨慎考虑是否约定仲裁条款，并确保仲裁协议的内容明确、合法、有效。如果希望约定仲裁条款，应明确指定具体的仲裁机构和仲裁规则，以避免因仲裁机构或规则不明确而导致的程序延误或混乱。
及时审查仲裁协议的效力：在发生争议后，当事人应及时审查仲裁协议的效力，以确定是通过仲裁还是诉讼来解决争议。如果发现仲裁协议可能存在无效的情形，应及时向法院提起诉讼或申请确认仲裁协议的效力。
遵守法律程序和时效要求：无论选择仲裁还是诉讼方式解决争议，当事人都应严格遵守法律程序和时效要求，以确保自身权益得到有效维护。例如，在仲裁程序中，当事人应按时提交材料、参与仲裁等；在诉讼程序中，当事人应按时起诉、应诉等。
如果您在合同纠纷中遇到了仲裁条款与法院管辖权相关的问题，或者对仲裁协议的效力、仲裁程序等方面有疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。